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Ítem Acceso Abierto Alineado y comparación de secuencias genómicas obtenidas de grupos discrepantes para la detención de regiones cromosómicas que controlan caracteres de frutos de tomate(2019) Vazquez, Dana Valeria; Cambiaso, Vladimir; Rodríguez, Gustavo R.Ítem Acceso Abierto Alternativas de manejo en la crianza del pollo campero con miras a lograr una producción más sustentable(Facultad de Ciencias Agrarias, 2023) Savoy, Juan Pablo; Antruejo, Alejandra Edit; Canet, Zulma EdithEl objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto del aumento de la densidad de alojamiento, con respecto a la recomendada en el protocolo de producción, sobre caracteres productivos, de bienestar animal y de calidad de la cama, en machos de dos genotipos de pollo campero criados en idénticas condiciones. Se trabajó con dos genotipos de pollos camperos: (a) Campero INTA (CI) cruzamiento simple entre machos de la población sintética AS y hembras de la población sintética E, y (b) Campero Casilda (CC) cruzamiento experimental de tres vías entre machos de la población sintética AH y hembras derivadas del cruzamiento simple entre machos de la población sintética ES y hembras de la población sintética A, criados con tres densidades (Recomendada, 7aves/m2 , 24,5 kg/m2 ; Alta,9 aves/ m2 , 31,5 kg/m2 y Muy alta, 11 aves/m2 , 38,5 kg/m2 ), en los meses de septiembre, octubre y noviembre del año 2019. Se puso a prueba la hipótesis de que el aumento de la densidad de alojamiento de pollos camperos machos, en el área de confinamiento, durante la etapa de acceso a parque, por encima de los valores establecidos en el protocolo respectivo, no afecta negativamente su desempeño productivo ni produce efectos detrimentales sobre su bienestar. Se evaluó el comportamiento dinámico del peso corporal, la uniformidad en peso corporal, e indicadores de bienestar (lesiones en almohadilla plantar, lesiones en tarsos y suciedad de plumas) y calidad de la cama (humedad), en cada una de las tres densidades de alojamiento. Por otro lado se evaluó el grado de sustentabilidad del módulo productivo dentro de la FCV - UNR de manera de determinar si este fuese apto para considerar como “Sistema de Producción Animal Sustentable”.Ítem Acceso Abierto Ampliación de la base genética del germoplasma tetraploide sexual de Paspalum notatum: caracterización genética y reproductiva de una población sintética(2017-03-29) Zilli, Alex Leonel; Martínez, Eric Javier; Acuña, Carlos AlbertoPaspalum notatum Flüggé es una gramínea rizomatosa perenne, nativa del continente Americano y particularmente predominante en los campos de pastoreo del sur de Brasil, Paraguay, Uruguay y nordeste de Argentina. Es una forrajera bien adaptada al clima subtropical y a los sistemas de pastoreo continuo. La especie presenta citotipos diploides (2n=2x=20) alógamos y de reproducción sexual, y citotipos tetraploides (2n=4x=40) apomícticos y seudógamos. Unos pocos individuos tetraploides sexuales experimentales fueron generados por duplicación cromosómica de diploides naturales. Sin embargo, la obtención de estos individuos tetraploides artificiales es un proceso laborioso y poco eficiente, además, las plantas obtenidas por este método presentan escaso vigor y fertilidad y en algunos casos resultan apomícticos facultativos. Es por ello que el germoplasma tetraploide sexual de P. notatum se encuentra acotado a unos pocos individuos, con una base genética muy estrecha, lo que restringe su uso en programas de mejoramiento. La variabilidad existente en P. notatum se encuentra presente en los tetraploides apomícticos que poseen una amplia distribución geográfica en todo el continente americano y una gran variación fenotípica. Una muestra representativa de esa variabilidad se halla depositada en el Banco de Germoplasma del IBONE. Esta variabilidad presente en los apomícticos puede ser transferida al germoplasma tetraploide sexual, mediante cruzamientos intra-específicos entre los pocos genotipos 4x sexuales existentes y varios genotipos apomícticos naturales, de tal manera de generar luego una población sexual con una base genética más amplia. El objetivo de este trabajo fue la ampliación del pool génico del germoplasma tetraploide sexual de P. notatum, a partir de la obtención de híbridos tetraploides sexuales, y su posterior uso para generar una población tetraploide sexual sintética con caracterización genética y reproductiva. Se obtuvo un total de 12 familias Fi, a partir de cruzamientos controlados entre 3 genotipos tetraploides sexuales experimentales (GTSE) y 10 genotipos tetraploides apomícticos naturales (GTAN). Se confirmó el origen híbrido de una muestra representativa de cada progenie, a partir de un test de paternidad con marcadores moleculares. Se determinó el modo de reproducción de todas las progenies híbridas, mediante marcadores moleculares ligados a la aposporia y posterior corroboración por métodos citoembriológicos. Todas las progenies resultaron ser de origen híbrido, con excepción de dos plantas que fueron producto de autofecundación de la madre. El modo de reproducción en las familias mostró un rango de segregación entre sexuales-.apomicticos de 1:1 a 8,6:1 (x= 3,4:1). Se observaron proporciones muy similares en aquellas familias que compartían el mismo padre apomíctico, lo que sugiere una influencia paterna en las proporciones esperables entre sexuales y apomícticos. Un total de 29 híbridos Fi sexuales, provenientes de 10 familias, fueron intercruzados para generar una Población Tetraploide Sintética Sexual (PTSS) de 306 individuos. La PTSS fue caracterizada desde el punto de vista citológico, reproductivo, fertilidad, variabilidad molecular y morfo-agronómica. Se comprobó que los individuos de la PTSS son tetraploides (2n=4x=40) y se reproducen exclusivamente en forma sexual. La fertilidad medida a partir de la producción de semillas en autopolinización forzada y polinización abierta demostró que la PTSS se comporta como alógama, aunque con niveles variables de autogamia. Se observaron niveles variables de fertilidad entre los individuos de la PTSS, aunque en promedio con valores similares a los obtenidos en los GTSE y los diploides. El análisis de la variabilidad molecular, evaluada con marcadores de SSR, y la morfo-agronómica a partir de 9 caracteres, demostró que la PTSS posee una variabilidad similar a la observada en los GTAN y considerablemente superior a los GTSE. Esto demuestra que se logró transferir la variabilidad presente en los GTAN a la PTSS, ampliando el pool génico del germoplasma tetraploide sexual de la especie. Se generaron familias híbridas entre individuos de la PTSS y dos cultivares apomícticos de P. notatum. Se determinó la segregación por el modo de reproducción, mediante marcadores moleculares 100 po ciento ligados a la aposporia. A su vez, se estimaron los niveles de expresividad de la aposporia en los híbridos apomícticos, a partir de la observación de sacos embrionarios maduros. Se obtuvieron 22 familias, a partir de cruzamientos entre 11 individuos de la PTSS y los cvs. Argentino y Boyero UNNE. El modo de reproducción mostró un rango de segregación entre sexuales: apomícticos de 1:0 a 1,3:1 (x= 3,5:1) y 1:0 a 1,5:1 (x=4:1) para las familias del cv. Argentine y cv. Boyero, respectivamente. La expresividad de la aposporia fue estimada en 55 y 28 híbridos apomícticos provenientes de los cruzamientos por cv. Argentine y Boyero UNNE, respectivamente. Los niveles de expresividad de la aposporia en los híbridos apomícticos mostraron un rango de 12,5-97 por ciento (CV= 33,6 por ciento) y 3,0-100 por ciento (CV= 53,1 por ciento) para el cv. Argentine y Boyero UNNE, respectivamente. Se observó una alta proporción de híbridos apomícticos con niveles de expresividad superiores al 80 por ciento, los cuales podrán ser evaluados como potenciales nuevos cultivares.Ítem Acceso Abierto Análisis comparativo de diferencias de rendimiento entre sorgo y maíz(Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Rosario, 2022) Parra, Gonzalo; Gambin, Brenda L.; Borrás, LucasLos cultivos de maíz y sorgo tienen una amplia difusión en Argentina, pero históricamente el sorgo ha ocupado un puesto muy distinto al actual. Esta tesis busca comparar ambos cultivos usando diferentes aproximaciones: datos públicos de rendimiento a nivel de productor, datos experimentales de rendimiento con ambos cultivos creciendo en simultaneo y bajo un mismo manejo, y datos experimentales comparando la biomasa remanente de ambos cultivos. Estudios previos mostraron que la ganancia genética en rendimiento ha sido muy superior en maíz comparada con sorgo, aumentando su rendimiento potencial y estabilidad frente a condiciones de stress hídrico y de nutrientes. La hipótesis de trabajo es que el rendimiento de maíz es actualmente superior al de sorgo en ambientes de más de 4000 kg ha-1 , y que la ventaja del cultivo de sorgo reside principalmente en la cantidad y calidad del rastrojo remanente. Ambos cultivos evidenciaron rendimientos similares en la década de 1970, pero la evolución del rendimiento a nivel de productor fue muy distinta entre cultivos a partir de esa fecha. El rendimiento de maíz a nivel nacional se incrementó a una tasa promedio de 110 kg ha-1 año-1 , mientras que la tasa de incremento del rendimiento de sorgo fue considerablemente menor, promediando 62 kg ha-1 año-1 . La diferencia en favor del maíz fue más evidente a partir de mediados de la década de 1990, con la introducción de materiales modificados genéticamente. El incremento del rendimiento en favor del maíz fue acompañado de mayor estabilidad (0,18 y 0,15% año-1 para maíz y sorgo, respectivamente) y mayor superficie sembrada en todas las zonas productivas de Argentina (3,8 Mha en 2016), y va de la mano de una contrastante inversión de tecnología (principalmente mejoramiento genético y biotecnología) entre cultivos. Estos resultados concuerdan con aquellos obtenidos al comparar ambos cultivos en las mismas condiciones ambientales. La diferencia de rendimiento (maíz menos sorgo) osciló entre -0,3 y 4,8 Mg ha-1 , y fue significativamente mayor en maíz excepto en uno de los ambientes explorados. La diferencia a favor del cultivo de maíz aumentó a medida que mejoraron las condiciones ambientales, evidenciando el mayor potencial de rendimiento de maíz. El rendimiento de indiferencia por debajo del cual el sorgo superó al maíz fue de solo ~1800 kg ha-1 , lo que concuerda con la mayor tolerancia a estrés de los híbridos comerciales actuales de maíz. El sorgo presentó valores de índice de cosecha bajos y poco estables cuando se lo comparó con maíz. Por último, la biomasa remanente fue mayor en sorgo que en maíz (12,8 y 10,1 t ha-1 , respectivamente), pero más lábil, resultado que presenta nuevos interrogantes por sus implicancias prácticas. La principal conclusión de esta tesis es que es necesario generar mayor inversión en genética y tecnología en el cultivo de sorgo, aunque el mismo tiene que ser acompañado con otros mecanismos que motiven su implantación. El mejoramiento debería focalizarse en aumentar la partición reproductiva en el cultivo de sorgo, y la difusión del cultivo debería concentrarse en los ambientes más restrictivos y frágiles ambientalmente, donde todavía es posible una ventaja en rendimiento y donde la biomasa remanente del sorgo respecto al maíz le genera un beneficio adicional.Ítem Acceso Abierto Análisis comparativo de la sustentabilidad de dos subsistemas de invernada en diferentes sistemas de producción y pesos de terminación(Facultad de Ciencias Agrarias-Universidad Nacional de Rosario, 2022) Rossetti, Iván José; Ventroni, Leandro; Larripa, MarceloEn las últimas décadas se han observado cambios en la forma de producción de los sistemas ganaderos, principalmente en las etapas de recría y engorde. Dichos sistemas han pasado de invernadas largas de producción de novillos pesados totalmente a base pastoril, a invernadas cortas de novillos livianos en sistemas confinados cuyo principal destino es el consumo interno. Este proceso de modernización tecnológica asociado a un uso intensivo de insumos, ha logrado aumentar la productividad y rentabilidad. Sin embargo, ha generado problemas ecológico-productivos, económicos y sociales, debido a que, si bien permite un incremento del beneficio económico obtenido, tiene como contracara un uso progresivo de los recursos disponibles y un aumento de los desechos generados. Se puede apreciar que hay una vacante en cuanto al análisis comparado de la sustentabilidad de los diferentes tipos de subsistemas de producción de novillos, es por ello que el presente trabajo se estructura en el análisis de sustentabilidad del ciclo productivo 2018-2019, de dos subsistemas de producción de carne con diferente grado de intensificación, tomando como caso de estudio, un establecimiento ubicado en la localidad de Villa Eloísa, en el cual se realizan ambas actividades ganaderas. Una de ellas, invernada liviana de encierre a corral permanente cuyo destino es el consumo interno, considerado como un subsistema intensivo y por otro lado, invernada pesada con destino exportación, compuesta de dos etapas, recría a campo a base pasturas y verdeos de invierno con posterior terminación a corral, considerado como un subsistema semi intensivo. De esta manera se pretende abordar y reflexionar respecto de: ¿Es el subsistema de producción de novillos pesados para exportación más sustentable que el subsistema de producción de novillitos livianos para consumo? ¿Qué indicadores permiten analizar la sustentabilidad en estos subsistemas y cómo pueden compararse? Se utilizó la metodología de balance, manejo y uso de nutrientes e índice de transferencia para evaluar la sustentabilidad ambiental y margen neto por cabeza, porcentaje de participación de costos y análisis de sensibilidad del margen neto para evaluar la sustentabilidad económica. Los resultados obtenidos fueron que el subsistema de invernada pesada obtuvo en comparación con el liviano, un desempeño más sustentable en la dimensión económica, demostró mayor estabilidad y resiliencia ante variaciones de precios de las principales variables que definen el ingreso neto de la actividad. A su vez analizado a ESCALA PREDIAL, éste obtuvo un uso más eficiente de nutrientes por ende un mejor desempeño de sustentabilidad ambiental. Sin embargo a ESCALA CORRAL, dicha dimensión, fue indistinta a los subsistemas, mostrando altos valores de excedentes de nutrientes para ambos, de todas maneras el subsistema pesado obtuvo valores de excedentes de nutrientes superiores al liviano, por lo que dicha etapa, es un punto crítico a considerar. En relación con las transferencias de nutrientes entre sectores dentro del subsistema, demostró movimiento y concentración de nutrientes para ambos corrales de encierre, siendo de mayor cuantía en el subsistema pesado. Se lograron seleccionar indicadores de sustentabilidad ambientales y económicos que permitieron un primer avance, caracterizar y diferenciar dos subsistemas de producción de carne bovina y, a su vez, realizar un análisis comparativo de sustentabilidad para el ciclo productivo considerado.Ítem Acceso Abierto Análisis computacional de la expresión de proteínas Vav en melanoma cutáneo(Facultad de Ciencias Agrarias, 2023) Avila, Aylén; Menacho Márquez, Mauricio; Anselmino, LucianoLas proteínas VAV son factores de intercambio de nucleótidos guanina (GEFs) que desempeñan roles esenciales en diversos procesos fisiológicos y patológicos. Esta familia está compuesta por tres miembros que normalmente muestran redundancia funcional y están asociados con funciones proactivas en el cáncer. Sin embargo, el papel de estas proteínas en el melanoma ha sido poco explorado. Nuestro objetivo fue caracterizar, mediante enfoques bioinformáticos, los procesos regulados específicamente por cada miembro de esta familia de proteínas en el melanoma. En primer lugar, se descargaron datos de expresión génica de personas con melanoma cutáneo de la base de datos “ Atlas del Genoma del Cáncer” (TCGA) utilizando el paquete del entorno de programación R, TCGABiolinks. Las personas fueron divididas según la expresión alta o baja de Vav1, Vav2 y Vav3, y se construyeron gráficos de supervivencia utilizando el estimador de Kaplan-Meier. Se encontró asociación entre una alta expresión de Vav2 con un peor pronóstico (p=0.045), mientras que la alta expresión de Vav1 y Vav3 se correlacionó con una mayor probabilidad de supervivencia de las personas (p=0.0022 y 0.0019 respectivamente). Luego, se identificaron genes diferencialmente expresados (DEGs) entre los grupos utilizando el paquete edgeR que aplica el método de máxima verosimilitud condicional ajustada por cuantiles. Los DEGs fueron seleccionados para valores de |FC|>1 y de FDR<0.01. Se realizó un análisis de enriquecimiento funcional para cada grupo de DEGs utilizando el paquete ReactomePA y el software GSEA. Para estimar la infiltración de células inmunes y estromales en los tejidos tumorales, se calculó el Puntaje Inmune y el Puntaje de Pureza Tumoral basados en perfiles de expresión génica de células inmunológicas del microambiente tumoral, utilizando los algoritmos estimate y xCell. Luego, las firmas de infiltración de células inmunes se evaluaron mediante ocho algoritmos diferentes utilizando la aplicación estimate y TIMER2.0. Se encontró una fuerte correlación positiva entre la expresión de Vav1 y las firmas de células inmunes (p=2.2E-16). No se observó correlación para la expresión de Vav2 o Vav3. Sin embargo, las Puntuaciones Inmune y de Microambiente estuvieron fuerte y positivamente asociadas con las expresiones de Vav1 (valor de p<3E-16) y Vav3 (valor de p<3E-9). En conjunto, nuestros resultados sugieren que altas expresiones de Vav1 y Vav3, combinadas con una baja expresión de Vav2, resultan en un mejor pronóstico en el contexto del melanoma. Este pronóstico puede estar relacionado por la influencia de Vav1 sobre la comunicación entre las células tumorales y su microambiente, mientras que la alta expresión de Vav3 podría regular la activación de vías de señalización de la célula tumoral, promoviendo una mayor inmunogenicidad. Palabras Clave: Bioinformática, Melanoma, Vav.Ítem Acceso Abierto Análisis de Conservación y Microsintenía de la Región Genómica Responsable de la Apomixis (acr) en Paspalum notatum(FCA-UNR, 2021-11-13) Spoto, Nicolás Leandro; Ortiz, Juan Pablo Amelio; Stein, Juliana; Podio, MaricelLa apomixis es una forma de reproducción clonal por semillas que origina progenies genéticamente idénticas a la planta madre. Este carácter fija naturalmente cualquier combinanción genética y por lo tanto es de gran interés para el mejoramiento. La apomixis está ampliamente difundida en las angiospermas, pero no se encuentra en las especies de gran cultivo. Solamente algunos géneros de gramíneas forrajeras subtropicales, el mango y las fresas presentan naturalmente este tipo de reproducción. La manipulación del carácter y su transferencia a los cultivos mayores puede tener un gran impacto en la agriculura. En la apomixis de tipo gametofítica, los embriones maternos se desarrollan por partenogénesis (sin fecundación) a partir de sacos embrionarios no reducidos (sea) derivados de células somáticas del óvulo (aposporía), o de la propia célula madre de la megáspora (diplosporía) luego de una falla en la meiosis. Varios autores sugieren que la apomixis puede derivar de cambios genéticos o epigenéticos de vías claves de la sexualidad. Paspalum notatum es una gramínea rizomatosa perenne que forma complejos agámicos y multiploides en los cuales el citotipo diploide se reproduce sexualmente, mientras que el tetraploide se reproduce por apomixis de tipo apospórica. La apomixis está controlada por un locus complejo, localizado en una región genómica de aproximadamente 36 Mpb, denominado acr (por Apospory Controlling Region), que presenta una segregación distorsionada, ausencia de recombinación y una alta metilación de citosinas. Este segmento cromosómico, está asociado (presenta sintenía) a regiones de los cromosomas 2 y 12 de arroz (Os2 y Os12), pero su constitución génica y estructural es aún desconocida. El objetivo de este trabajo fue determinar la conservación de los segmentos cromosómicos de arroz asociados al acr en diferentes especies de gramíneas, determinar su contenido génico, analizar los posibles patrones de expresión de los genes presentes durante el desarrollo reproductivo e identificar regiones genómicas asociadas al acr utilizando un borrador del genoma de un citotipo diploide de P. notatum. XIII Resumen Como material vegetal se utilizaron los genotipos tetraploides Q4188 (sexual) y Q4117 (apomíctico), una población F1 de 18 híbridos derivada del cruzamiento entre ellos y ocho genotipos apomícticos. La caracterización del modo reproductivo del material vegetal fue realizada mediante observaciones citoembriológicas de ovarios clarificados en estado de antesis y por análisis moleculares utilizando el marcador scar spna2, que se encuentra completamente ligado a la apomixis en la especie. Ambos estudios mostraron resultados concordantes en los individuos ensayados a excepción del genotipo Q3664 (un genotipo apomíctico facultativo), el cual presentó sea y ausencia del marcador. Este resultado indicaría que Q3664 sería un recombinante para el marcador utilizado y el acr, en esa región. El genotipo presenta un bajo porcentaje de expresión de la aposporía (11 %) con respecto a los genotipos apomícticos obligados (65 a 89 %) que sí contienen el marcador. A fin de validar la asociación del cromosoma Os2 con el acr, se identificaron transcriptos de P. notatum con homología al marcador de rflp C932 (que mapea en dicha región de arroz y que codifica para un gen ppi) expresados en los transcriptomas reproductivos sexual y apomíctico. Como resultado se obtuvieron cinco secuencias homólogas a partir del trascriptoma sexual y tres del apomíctico, respectivamente. Mientras los cinco transcriptos sexuales fueron semejantes al gen de arroz, los transcriptos apomícticos resultaron variables; una de las formas mostró semejanzas con el gen funcional, otra resultó un pseudogen sin aparente capacidad codificante, y el tercero resultó un transcripto quimérico, codificante para los dominios ppi y dnaj. El mapeo de las secuencias genómicas de cada transcripto en la población F1 segregante, demostró que la forma quimérica del gen segrega completamente ligada al carácter apomixis. Este resultado confirmó la asociación del segmento del cromosoma Os2 con el carácter y determinó que la forma quimérica es la que se encuentra en el acr. Los estudios de conservación de los segmentos de arroz demostraron que las regiones de los cromosomas Os2 y Os12 sinténicas al acr de P. notatum presentan una alta conservación en el contenido y orden génico respecto a seis de las siete especies del género Oryza estudiadas (O. sativa grupo Indica, O. barthii, O. brachyantha, O. glaberrima, O. glumipatula, O. punctata). Sin embargo, para el caso de Sorghum bicolor, se identificó una inversión de 6 Mpb y en Oryza nivara, se detectaron bloques de sintenía translocados entre los cromosomas homólogos al Os2 y Os12. A fin de analizar los posibles patrones de expresión de los genes presentes en los segmentos de arroz asociados al acr se estudió un transcriptoma floral por estadios del desarrollo reproductivo apomíctico y sexual de P. notatum. Este estudio reveló que la mayor parte de los transcriptos codificantes diferenciales están sobrexpresados en el XIV Resumen genotipo apomíctico. Además, se observó que en los cromosomas Os2 y Os12 se localiza una proporción mayor de transcriptos sobrexpresados del genotipo apomíctico que en el resto de los cromosomas. Un análisis similar mostró que el Os12 presenta la mayor proporción de transcriptos no codificantes sobrexpresados en el genotipo apomíctico. A partir de la disponibilidad de un borrador del genoma de un citotipo diploide de P. notatum, se detectaron scaffolds asociados al acr mediante el mapeo de 17 secuencias que cosegregan con la apomixis. Este análisis identificó 10 scaffolds que fueron caracterizados por su contenido génico. Las secuencias identificadas determinaron que presentan regiones sinténicas a las regiones cromosómicas de arroz asociadas al acr, presentando además una alta conservación en el contenido y orden génico. Estos resultados indican que el genoma diploide contiene, al menos parcialmente, el acr presente en los citotipos tetraploides. Uno de los scaffolds estudiados (utg001125l) contiene genes homólogos a genes de arroz localizados en las regiones sinténicas de los cromosomas Os2 y Os12, lo cual podría representar el sitio de yuxtaposición de la sintenía mixta del acr. El escrutinio detallado de las secuencias de arroz identificadas en cada uno de los análisis nos permitió identificar una lista de 100 candidatos para futuros estudios referidos a la apomixis entre los cuales los genes ppi, huellenlos, exs, ttg1 y mt-a70 aparecen como los más relevantes.Ítem Acceso Abierto Análisis de la distribución de potenciales cuádruplex de Guanina (PQS) en el genoma de tripanosomátidos y su posible relación con el control de la expresión génica.(2017) Andino, Diego Leonardo; Cribb, PamelaÍtem Acceso Abierto Análisis de la merma de rendimiento de la línea A de maíz (Zea maize L.) en su versión HP asistido por marcadores moleculares(2014) Cometti, María Eugenia; Canu, Ana PaulaLa versión HP de la línea A presenta una merma de rendimiento bajo condiciones de estrés cuando se la compara con la versión no transgénica. La versión HR de la línea A no presenta este fenómeno. Para poder encontrar los fragmentos cromosómicos responsables y obtener una nueva línea sin la merma, la línea A HR se cruzó con la línea A HP asumiendo que las progenies eran líneas casi isogénicas (NILs) que diferían en unos pocos genes que podrían explicar la merma. Estas líneas fueron sembradas en el campo en dos ambientes. De acuerdo a los resultados de rendimiento, fueron seleccionadas las 10 mejores y las 10 peores líneas. Los parentales fueron secuenciados y como resultado se seleccionaron algunos SNPs para genotipificar las 20 NILs. A partir de la secuenciación se observó que la línea A HR tenía muchas nuevas regiones que eran diferentes a ambas versiones de la línea A: tanto convencional como HP. No se observaron diferencias alélicas entre las 10 mejores y las 10 peores NILs (o fragmentos candidatos) que pudiesen explicar la merma en rendimiento. La similitud entre las versiones HP y HR en el cromosoma dos (donde está inserto en evento TC1507) sugiere que la merma no es causada por arrastre de ligamiento. Sin embargo, el arrastre por ligamiento no puede ser descartado ya que otros fragmentos presentes en la versión HR en otras regiones genómicas podrían estar compensando la perdida. Fue encontrada una versión HP con un mayor rendimiento pero no los fragmentos candidatos.Ítem Acceso Abierto Análisis de la utilidad de la prueba topográfica por tetrazolio realizada en precosecha como criterio para la selección de lotes de semilla de soja (Glycine max)(FCA-UNR, 2020-12-11) López, Federico Eduardo; Cárcova, JorgelinaLas condiciones ambientales en las que se desarrolla el cultivo de soja (Glycine max), fundamentalmente después de madurez fisiológica, tienen un alto impacto sobre la calidad fisiológica de la semilla. El contar con una herramienta para evaluar dicha calidad previo a la cosecha, resultaría sumamente útil para la industria semillera. El objetivo de este trabajo es analizar la utilidad del test de tetrazolio, del modo en que Bayer lo implementa actualmente, realizado sobre una muestra tomada previo a la cosecha, como predictor del valor de poder germinativo. Se utilizaron lotes sembrados con veinte variedades, distribuidas en Argentina y Brasil, durante tres campañas agrícolas. Se realizaron análisis de correlación y de regresión simple y múltiple entre las variables viabilidad y vigor vía prueba topográfica de tetrazolio, obtenidos mediante las metodologías empleadas por cada uno de los laboratorios utilizados, y el poder germinativo, al igual que una valoración económica del impacto de la toma de decisiones basado en esos parámetros. No se encontraron correlaciones significativas entre ninguna de las variables analizadas en combinación o separadas y el PG. El impacto económico de tomar decisiones en base a dichas variables sería negativo para las empresas semilleras. Adicionalmente se analizaron posibles causas que expliquen diferencias entre los resultados y la bibliografía. Así es que se comparan las técnicas de tetrazolio entre laboratorios utilizados. Dichas diferencias no logran explicar la falta de correlaciones. Queda planteado para futuros trabajos en esta línea de estudio, el análisis de la metodología de muestreo en precosecha del cultivo.Ítem Acceso Abierto Análisis de la variabilidad intraespecífica y de distribución de opuntia anacantha speg. (cactaceae-opuntioideae) en la Región Chaqueña Argentina(2019) Oakley, Luis; Kiesling, Roberto; Prado, Darién E.Este estudio abarca la problemática taxonómica de Opuntia anacantha Speg. (Opuntioideae-Cactaceae), en la Región Chaqueña Argentina, en cuanto a las dificultades que presenta su identificación y diferenciación infra e interespecífica. En la actualidad se considera que este taxón incluye cuatro variedades: var. anacantha, var. kiska-loro (Speg.) R. Kiesling, var. retrorsa (Speg.) R. Kiesling y var. utkilio (Speg.) R. Kiesling. Sus poblaciones presentan individuos con una notable variación en su aspecto, de acuerdo a las condiciones ambientales, lo que genera problemas para su determinación así como para diferenciar sus variedades. Para intentar resolver esos problemas se estudió la variación morfológica, tanto vegetativa como reproductiva, de las poblaciones naturales de O. anacantha, a través de análisis multivariados. La hipótesis planteada es: "en O. anacantha existen grupos de poblaciones bien definidas y diferenciadas, a través de caracteres constantes que les son propios y que justifican su tratamiento como entidades taxonómicas infraespecíficas'. Entre los años 2012 y 2017 se muestrearon 80 individuos en 33 sitios de la Región Chaqueña. Los individuos se consideraron como OTU's, y cada una de estas fue asignada a priori a un determinado taxón varietal: 63 pertenecientes a la variedad retrorsa, nueve como var. utkilio y ocho a la var. kiska-loro, pero ninguno coincidió con la variedad anacantha. Para el análisis morfológico se estudiaron 70 caracteres tanto vegetativos como reproductivos, de los cuales diez son cualitativos y 60 cuantitativos. A partir de la matriz de datos se llevaron a cabo los siguientes análisis: "Análisis de Componentes Principales' (ACP), 'Análisis de Conglomerados' (AC), 'Análisis de Varianza Multivariado con Permutaciones' (PERMANOVA), 'Análisis de Similitud' (ANOSIM), y mediante el programa R la descripción de los 'clusters' formados. Con los datos cuantitativos también se compararon las poblaciones a través de análisis univariados. Los 'Análisis de Componentes Principales', mostraron una tendencia al ordenamiento en tres grupos de acuerdo a la pre-identificación inicial; aunque con superposición de algunos individuos de las variedades utkilio y retrorsa. En cuanto al 'Análisis de Conglomerados', el dendrograma agrupó jerárquicamente a los individuos en cuatro grupos donde los individuos pre-identificados como variedad utkilio, quedan segregados en dos agrupamientos distantes (utkilio 'a' y utkilio 'b'). A partir de la interpretación de la importancia de los grupos de variables surgidos de los resultados, se concluyó que O. anacantha es un taxón que comprende dos variedades y dos formas: var. anacantha, var. retrorsa f. retrorsa y var. retrorsa f. utkilio. Por otra parte, los individuos nominados como "utkilio b" formarían parte de otra entidad con caracteres intermedios entre O. anacantha y O. sulphurea Gillies ex Salm-Dyck. A partir del análisis detallado de las descripciones originales, se concluyó que la variedad kiska-loro forma parte de la sinonimia de O. anacantha var. anacantha. Se presenta la información taxonómica para O. anacantha y sus variedades, y una clave dicotómica para diferenciarlas. Además se elaboró una clave para diferenciar a O. anacantha de las otras especies del género que habitan en la región Chaqueña. Por último, se elaboró un mapa de distribución geográfica, utilizando el programa DIVA-GIS, a partir de 195 puntos de registro, incluyendo los 80 individuos estudiados en el análisis morfológico, 43 observaciones personales a campo y 61 ejemplares de herbario. Se ratifica que es una especie típica de la región biogeográfica chaqueña, pero que se extiende hacia ciertas comunidades de otras regiones adyacentes.Ítem Acceso Abierto Análisis del impacto de glifosato sobre comunidades microbianas de suelos de la región pampeana mediante un enfoque fisiológico y molecular(2017) Allegrini, Marco; Gómez, Elena del Valle; Zabaloy, María CelinaLa intensificación agrícola característica de los últimos tiempos, tanto en Argentina como a nivel mundial, depende en gran medida de la utilización de herbicidas para el control de malezas en cultivos y pasturas. El glifosato [N-(fosfonometil)glicina] es el herbicida más utilizado en el mundo en la actualidad. Es un herbicida de amplio espectro, no selectivo, usado en pre-siembra o post-emergencia, cuyo consumo se incrementó impulsado por la difusión de los cultivos genéticamente modificados resistentes al principio activo (GR) y la expansión de la agricultura en siembra directa. Asimismo, es utilizado también como agente de desecación química en cultivos sensibles, por ejemplo, para la supresión de cultivos de cobertura. La potencial alteración de las comunidades microbianas y los procesos biológicos del suelo por el glifosato ha despertado un particular interés ya que las comunidades microbianas edáficas llevan a cabo importantes funciones en el ecosistema. El objetivo de esta Tesis Doctoral fue evaluar el impacto de glifosato en comunidades microbianas del suelo. Para ello, se llevaron a cabo diferentes experimentos desde un enfoque tanto fisiológico como molecular. En primera instancia, en un estudio de carácter observacional, se determinó si la exposición crónica al herbicida puede conducir a un incremento en la tolerancia de la comunidad. Los resultados de la estrategia ecotoxicológica PICT (Pollution Induced Community Tolerance), con el ingrediente activo (IA) y con un formulado comercial (FC), indicaron que las comunidades microbianas de suelos con larga historia de exposición a campo (H) no presentan una mayor tolerancia respecto de aquellas presentes en suelos sin historia (NH). La tolerancia no incrementada fue consistente con un estudio posterior en microcosmos en el cual no se observó un fenómeno de “costo de tolerancia” frente a un disturbio secundario (desecación-humedecimiento). El efecto de un ciclo de desecación-humedecimiento sobre un indicador de estrés metabólico (cociente respiratorio, RQ), no fue significativo en el sitio H ni en el sitio NH. Asimismo, se demostró que en el sitio H la abundancia de genes indicadores de diferentes grupos microbianos, entre ellos bacterias totales, Actinobacteria, bacterias y arqueas oxidantes del amoníaco (BOA y AOA, respectivamente), en respuesta al disturbio mencionado, no se encuentra condicionada por la presencia/ausencia de una aplicación previa de glifosato. Sin embargo, en un experimento en microcosmos se observó que aplicaciones repetidas de glifosato conducen a modificaciones fisiológicas y a nivel de estructura de la comunidad. El RQ, con ácido p-cumárico como sustrato, se incrementó luego de tres aplicaciones del ingrediente activo (IA) respecto del control, tanto en sitios H como NH, indicando una condición de estrés metabólico y un posible impacto sobre microorganismos capaces de catabolizar fenilpropanoides. El FC, a diferencia del IA, mostró mayores efectos a nivel de estructura de la comunidad de BOA. En una de las dos localidades estudiadas, los perfiles basados en ADN de este grupo específico de microorganismos, indicaron una menor similitud de microcosmos con tres aplicaciones del FC respecto de microcosmos control, tanto para el sitio H como el NH, no observada con el IA. De la misma manera, en ambos sitios se observaron modificaciones en la abundancia relativa de BOA. Finalmente, se estudiaron las comunidades microbianas rizosféricas de Avena sativa L., especie utilizada frecuentemente como cultivo de cobertura (CC) y tratada con glifosato durante la etapa de finalización del cultivo. Se observaron efectos diferenciales de la desecación con un FC de glifosato, respecto de un método sin herbicida (corte). Si bien la estructura de la comunidad bacteriana (diversidad α y β) no mostró un efecto significativo del método de finalización, se detectaron diferencias en los perfiles catabólicos de las comunidades (CLPP) como así también en la diversidad catabólica y en la abundancia relativa de ciertos grupos bacterianos, entre ellos, las BOA. A los 26 días post-tratamiento, la diversidad catabólica observada fue mayor en el método con glifosato y los perfiles fisiológicos se diferenciaron significativamente, con una utilización mayor de todos los sustratos carbonados evaluados. Además, la rizosfera de plantas secadas con glifosato presentó una menor abundancia de AOA, una mayor abundancia relativa del OTU 35 (Mesorhizobium sp., posiblemente involucrada en la degradación de fosfonatos), y se detectaron plásmidos promiscuos IncP-1 ε, no observados en ausencia de glifosato. Un mecanismo putativo de impacto de glifosato basado en la exudación incrementada de compuestos fenólicos inhibitorios explicaría la menor abundancia de AOA y de BOA, mientras que la exudación directa de glifosato, reportada en diversos estudios, sería la causa del incremento de bacterias degradadoras de fosfonatos. Los resultados obtenidos mediante la estrategia PICT, apoyados por la ausencia de un fenómeno de “costo de tolerancia” frente a un disturbio secundario (desecación-humedecimiento), permiten concluir que la exposición crónica de las comunidades microbianas a glifosato no conduce a un incremento en la tolerancia. Sin embargo, la ausencia de una respuesta PICT es insuficiente para concluir que no han ocurrido modificaciones en la comunidad. Las evidencias obtenidas a partir del estudio de impacto de aplicaciones repetidas en microcosmos sugieren que podrían existir modificaciones en grupos específicos de microorganismos, entre ellos, las BOA, un grupo clave en el ciclo del N. La estrategia PICT podría ser sensible a grandes cambios en la comunidad pero insensible a poblaciones especializadas dentro de la misma. Por tal motivo es necesario considerar también indicadores relacionados con grupos específicos y ecológicamente relevantes para una evaluación precisa y abarcativa de los efectos del herbicida. Asimismo, es necesario incluir a la microbiota rizosférica en las evaluaciones de impacto. Las diferencias observadas entre comunidades microbianas rizosféricas de plantas de A. sativa finalizadas por desecación o corte, a los 26 días post-tratamiento, podrían derivar en efectos diferenciales sobre el ensamble de comunidades microbianas rizosféricas del cultivo sucesor, aspecto que deberá evaluarse en futuras investigaciones. De la misma manera, el enriquecimiento en bacterias degradadoras de fosfonatos a los 26 días podría estar asociado a una mayor potencial de degradación de glifosato en la rizosfera de plantas tratadas con el herbicida, aspecto que también deberá abordarse en próximos estudios. Finalmente, esta Tesis demuestra, por primera vez, que la abundancia de microorganismos oxidantes del amoníaco (MOA) constituye un indicador sensible frente a un FC de glifosato, tanto en suelo rizosférico como no rizosférico, con el potencial de ser utilizado en programas de monitoreo en el largo plazo. Asimismo, se propone un mecanismo putativo de impacto de glifosato en la rizosfera relacionado con la exudación incrementada de compuestos fenólicos que podría explicar la reducción observada en la abundancia de MOA.Ítem Acceso Abierto Análisis genético y molecular de germoplasma de tomate con introgresión de Solanum habrochaites: mejora de caracteres relacionados con calidad de frutos(Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Rosario, 2023) Broglia, Viviana Gabriela; Rodríguez, Gustavo Rubén; Budde, Claudio OlafEn los programas de mejora de tomate (Solanum lycopersicum L.) ciertos objetivos se relacionan con caracteres de calidad del fruto. Los mejoradores deben considerar aspectos demandados tanto por productores como por consumidores. Es importante la obtención de líneas que produzcan frutos de aspecto atractivo, sabor deseado, propiedades nutricionales y vida en estantería prolongada. Este último atributo cobra un valor importante porque permite que el producto llegue a los sitios de comercialización sin que se produzcan pérdidas debido al deterioro causado por el tiempo, las distancias y las formas de traslado desde los lugares de cosecha. La aplicación de procesos de mejora genética requiere la existencia de variabilidad genética, y, en el tomate cultivado, esta se ha reducido notablemente como consecuencia de los procesos de domesticación y mejora. Para ampliar la base genética pueden implementarse estrategias que permitan la introgresión de germoplasma de especies silvestres emparentadas. Y luego es necesario evaluar el efecto de estas introgresiones para reconocer el aporte de estas especies y aprovechar su uso en la obtención de materiales para la mejora. Debido a la importancia que fue adquiriendo el cultivo de tomate en NOA se inició un programa de mejora en la Universidad Nacional de Salta en la década de 1990. El objetivo inicial fue incorporar la resistencia del tomate a la polilla (Tuta absoluta Meyrick) una de las principales plagas del tomate. La estrategia se inició con cruzamientos entre Solanum lycopersicum cv. Uco Plata INTA y Solanum habrochaites S. Knapp & D. M. Spooner, y continuó con retrocruzas, cruzas y selección. A lo largo del proceso se obtuvieron genotipos con caracteres agronómicos de interés. Entre estos genotipos se destacó la línea de premejora FCN 93-6-2, que además de resistencia a polilla del tomate evidenció mejora en algunos caracteres de calidad de fruto. Se evaluaron líneas comerciales que contribuyan al aumento del tamaño del fruto y se seleccionó el cv LC 138 (INTA La Consulta – Mendoza). Para avanzar en el proceso de mejora se planteó estimar el grado de introgresión del genoma de Solanum habrochaites en la línea de premejora y efectuar el análisis de las bases genéticas relacionadas con caracteres de calidad de fruto considerando la F1 y F2 del cruzamiento entre FCN 93-6-2 y LC 138. Los objetivos fueron: 1. Caracterizar fenotípicamente las líneas FCN 93-6-2 y LC 138. 2. Evaluar fenotípicamente la F2 obtenida a partir del cruzamiento entre estas líneas para caracteres de calidad de fruto y vida en estantería. 3. Analizar modos de herencia de esos caracteres. 4. Estimar el grado de introgresión del genoma de Solanum habrochaites en FCN 93-6-2 y delimitar las regiones cromosómicas provenientes de la especie silvestre. 5. Evaluar con marcadores moleculares la población segregante F2 e identificar QTLs para caracteres de calidad de fruto. Se observaron diferencias significativas entre los progenitores en el 81,25% de los 32 caracteres fenotípicos analizados: vida en estantería (VE), deshidratación (Dhc, Dha, Dhr), consistencia (Cons) al momento del descarte, peso del fruto (Pf), altura (Alt), diámetro (Diam), forma (For), contenido de sólidos solubles (SS), concentración de licopeno (CLi), pH, color (Col, X, Y, Z, L, a*, b*, Chroma y Hue), dureza (Dur), firmeza de la pulpa (Fir), número de lóculos (Nl), espesor del pericarpio (Ep); y propiedades biomecánicas (Esfuerzo de rotura: Er, Fuerza máxima: Fmax y Módulo de Young: MY). La línea de premejora FCN 93-6-2 duplicó la VE de LC 138, y tuvo frutos de color rojo más intenso, mayor SS, CLi, Dur y menor MY. Mientras que LC 138 presentó valores medios más altos en todas las variables asociadas a tamaño. No se observó efecto de interacción genotipo por año en VE, Pf y Diam. En F1 se detectó heterosis para VE, Col, pH, CLi. En el análisis de F2 el 86% de las heredabilidades estimadas fueron entre moderadas a altas. Se detectó segregación transgresiva para VE, Diam, Col, SS, pH, Ep y Dur respecto a FCN 93-6-2, para b* y Chroma, respecto a LC 138, y para Hue y CLi respecto a ambos progenitores. También se detectaron efectos aditivos positivos de alelos silvestres en variables que estiman el color del fruto y con efectos aditivos negativos en variables asociadas al tamaño (Diam, Alt). Entre las correlaciones genéticas positivas estimadas se destacan las de variables de tamaño (Pf y Diam) con VE. En cuanto a la evaluación molecular, a partir de 167 SSR informativos se observó que FCN 93-6-2, según las distancias estimadas entre SSR probados, posee 56,9 cM (4,57%) introgresados del de genoma de S. habrochaites. Estos SSR delimitaron cuatro introgresiones: tres en el cromosoma 11 con dos en el brazo corto y el otro en el brazo largo y una en un extremo el cromosoma 5. A partir del análisis de la F2, 11 variables se asociaron al menos a un marcador SSR. Se detectaron QTLs para VE, variables relacionadas a este carácter (Dhc y Dhr), Dur, color del fruto a través de algunas variables de espacio color y SS. La localización de varios QTLs para un mismo carácter evidenció aportes diferenciales de estas regiones del genoma en especial en la determinación de VE y SS.Ítem Acceso Abierto Análisis in-silico de la expresión de genes sHSPs en frutos de tomate Solanum lycopersicum.(FCA-UNR, 2020) Arce, Débora Pamela; Krsticevic, Flavia J.Ítem Acceso Abierto Análisis y aprovechamiento de bases de datos agronómicas recurriendo al proceso “Knowledge discovery in databases” (KDD) y algoritmos de “data mining”(DM). Una Aplicación al pronóstico de producción de frutas de pepita en los Valles de Río Negro y Neuquén(FCA-UNR, 2020) Giménez, Gustavo Néstor; Bramardi, Sergio; Pratta, Guillermo; Beltrán, CelinaUna de las principales actividades económicas en las provincias de Río Negro y Neuquén, es la producción de peras y manzanas. En dicha zona se ha llevado a cabo el pronóstico de producción desde el año 1992 durante 23 años. El pronóstico de producción de frutas de pepita ha sido una herramienta importante para planificar la cosecha y mejorar estrategias de mercado. El método de predicción de la producción, con antelación a la cosecha de los principales cultivares, se basó en curvas de crecimiento. La curvas de crecimiento no sólo permitieron estimar la producción sino que, conjuntamente con la relación diámetro-peso de los frutos, los tamaños comerciales. Toda esta información ha generado un volumen de datos que resulta difícil procesar y aprovechar con los métodos estadísticos habituales. Una opción para estos casos es utilizar una técnica de extracción de conocimientos en bases de datos también llamado proceso KDD (Knowledge Discovery in Data Bases). El proceso KDD consta de tres etapas: preprocesamiento, análisis de datos aplicando técnicas de minería de datos y extracción de conocimiento. El objetivo principal de esta tesis fue aplicar el proceso KDD y algoritmos de “Data Mining” como el SVM o máquina de soporte vectorial aplicados al pronóstico de producción. Otro objetivo de este trabajo fue diseñar una base de datos que pudiera preservar la información generada. Además, se aplicaron técnicas de preprocesamiento y visualización para detectar datos faltantes y con errores de registro; se buscaron relaciones entre variables como peso y diámetro. Para esto fue esencial programar nuevas funciones y algoritmos en R. Una vez sistematizados los datos de crecimiento se ajustó un modelo estadístico y se estimaron los efectos del mismo destacándose el efecto de la parcela. A partir de la estimación del modelo se simularon curvas de crecimiento para calibrar y entrenar el SVM. Aprovechando las curvas simuladas se verificó que el SVM mejoró el ajuste de las curvas de crecimiento observando un error cuadrativo medio menor que utilizando modelos estadísticos. La utilización del SVM como clasificador multiclase permitió predecir con antelación a la cosecha los tamaños comerciales de los frutos. La ventaja de aplicar el SVM residió principalmente en procesar mayor volumen de datos y lograr mayor precisión en el pronóstico. El alcance de las predicciones del SVM fue evaluado con una experiencia a campo donde se realizó una predicción 14 días posteriores a la cosecha comercial y se comparó con los tamaños de los frutos recolectados. La precisión expresada en tamaños comerciales correctamente clasificados fue de 30% pero al reagrupar las clases productivas en frutos pequeños, medianos y grandes se logró una precisión de 70%. Mediante esta tesis se logró sistematizar, procesar y analizar un gran volumen conformando una base de datos de 17 tablas y 160.000 registros. La aplicación del proceso KDD y de algoritmos de DM permitió obtener predicciones de gran precisión.Ítem Acceso Abierto Análisis y modelado estructural de los dominios catalíticos de DCL1 de Arabidopsis thaliana(2017) Mascali, Florencia Carla; Rasia, Rodolfo M.Ítem Acceso Abierto Anotación automática GO de productos génicos en SARS-CoV-2(Facultad de Ciencias Agrarias. UNR, 2023) Chiacchiera, Elizabeth; Spetale, Flavio E.La anotación de funcionalidades biológicas de productos génicos, RNA y proteí nas, es una tarea crítica en el desarrollo de proyectos de secuenciación genómica. En el caso de proyectos de genomas virales, estas anotaciones infieren el rol molecular de estos productos virales de interés durante la infección a sus células diana, indi cando aquellos procesos biológicos en los que están involucrados y constituyen una herramienta útil para el desarrollo y mejoramiento de tratamientos antivirales. La velocidad actual a la que se generan nuevas secuencias de RNA y proteínas a partir de proyectos de secuenciación genómica genera un cuello de botella para los méto dos de anotación tradicionales, basados en estudios experimentales exhaustivos. Este cuello de botella puede resolverse parcialmente mediante métodos computacionales de anotación. Es de interés global el estudio de virus y en particular, SARS-CoV-2, que causa la enfermedad COVID-19 y representa aún una amenaza para la salud mundial. Los esfuerzos para desarrollar medicamentos y vacunas eficaces frente a nuevas variantes se ven obstaculizados por el conocimiento limitado de los detalles moleculares de cómo el SARS-CoV-2 infecta y se propaga. En particular, en es te trabajo se aborda el problema de anotación funcional automática de productos génicos para SARS-CoV-2 a través de ontologías y aprendizaje computacional. La ontología funcional de genes utilizada es Gene Ontology (GO) y el método de apren dizaje computacional utilizado se llama Factor Graph GO Annotation (FGGA). Este método de clasificación jerárquico toma como entrada un conjunto de atributos, ca racterísticas, extraídos desde las secuencias y devuelve un grafo consistente en los tres subdominios de GO. El proceso de extracción de atributos desde las secuencias se lo denomina caracterización. En este trabajo, se considera una caracterización básica que consiste en propiedades fisicoquímicas y una caracterización enriquecida, desarrollada en este proyecto, que agrega atributos virales. La incorporación de es tos contribuye a mejorar la especificidad de predicción de las funcionalidades GO. Finalmente, se evalúa el rendimiento de las predicciones GO obtenidas y se compara los resultados obtenidos sobre 31 productos génicos anotados en forma experimental en Jungreis et al. (2021). Estos resultados validaron de forma exitosa las anotaciones existentes curadas manualmente y también generaron nuevas anotaciones in-silico que fueron avaladas por diversas fuentes bibliográficas disponibles en la actualidadÍtem Acceso Abierto Anotación genómica y análisis comparativo entre bacteriófagos de Staphylococcus aureus(FCA-UNR, 2018) Carrasco, Soledad Telma; Suárez, Cristian A.Ítem Acceso Abierto Aplicación de compost de cama profunda porcina en un sistema productivo de lechuga (Lactuca sativa L.) a campo(Facultad de Ciencias Agrarias-Universidad Nacional de Rosario, 2021) Ortiz Mackinson, Mauricio; Bonel, Beatriz; Valenzuela, OsvaldoLa producción porcina bajo el sistema de cama profunda genera elevados volúmenes de desechos, compuestos principalmente por heno y excretas. El manejo de estos residuos a través del compostaje permite su reciclado tras un tratamiento ambientalmente adecuado, posibilitando su incorporación al suelo. Una alternativa de uso posterior sería la aplicación del compost de cama profunda porcina (CCP) a suelos dedicados a la producción hortícola, los que generalmente presentan estados de degradación importantes como consecuencia del uso intensivo y de manejos inadecuados. El objetivo de esta tesis, fue realizar un estudio agronómico productivo sobre la utilización de CCP en un sistema de producción de lechuga (Lactuca sativa L.) a campo, por medio del análisis de parámetros de cultivo y de propiedades de suelo, en el Cinturón Hortícola de Rosario. El estudio se llevó a cabo en la sección hortícola del Campo Experimental de la Facultad de Ciencias Agrarias, UNR, utilizando CCP producido en la misma Institución. Se evaluó la aplicación de cuatro dosis de compost: 0 kg.m-2 (T0), 6 kg.m-2 (T1), 9 kg.m-2 (T2) y 12 kg.m-2 (T3) en tres ciclos de cultivo: C1 (trasplante el 31/05/2017), C2 (trasplante el 23/10/2017) y C3 (trasplante el 19/03/2018). Las variables productivas y de calidad de cultivo analizadas fueron: rendimiento expresado en peso fresco (RPF) y seco (RPS), número de hojas por planta (NH), área foliar (AF), índice de color (IC*), materia seca (MS) aérea y radical, y calidad organoléptica (aceptabilidad y preferencia). Las variables edáficas fueron: carbono orgánico (CO), materia orgánica (MO), nitrógeno Kjeldahl (N), relación C/N, fósforo disponible (P), pH, estabilidad estructural (EE), densidad aparente (DA), porosidad total (PT), resistencia a la penetración (RP) y tasa de infiltración (I). Los datos correspondientes a variables productivas se analizaron mediante ANAVA y comparación de medias por Tukey o Kruskal Wallis. La evaluación organoléptica se realizó utilizando Kruskal Wallis, test de Roessler y normas AFNOR V09-500. Para las edáficas se realizó un análisis de medidas repetidas en el tiempo, mediante modelos generales y mixtos. Se hallaron diferencias en las variables productivas y de calidad de lechuga a favor de los tratamientos con CCP, con diferencias entre tratamientos y ciclos. El RPF fue mayor en T3 respecto a T0, con aumentos de 29% y 37% para el C1 y el C2 respectivamente. El NH fue mayor en T2 y T3 con respecto a T0 durante el C2. Se observó mayor AF en T3 para el C1 y en T2 para el C2. El T3 presentó color verde más oscuro diferenciándose de T0 y T1 en el C1 y de T0 en el C2. Hubo diferencias en MS aérea y radical en el C2, donde el mayor valor lo obtuvo T0 y el menor correspondió a T3. En el C1 se observó un aumento del 18% en RPS en T3 con respecto a T0, mientras que en el C2, el aumento fue de 28% para T2 comparado con T0. El análisis organoléptico indicó que las muestras de lechuga provenientes del tratamiento con agregado de CCP fueron preferidas por los consumidores en un 64% con respecto a T0. Se encontraron diferencias en el contenido de CO y MO de suelo, promedio de los tres ciclos, hallando mayores contenidos en T3 respecto a T0 y T1. La relación C/N evidenció una tendencia decreciente a través de los ciclos, mientras que para pH la tendencia fue creciente no observándose diferencias entre tratamientos en ambas variables. Se halló interacción entre los factores tratamiento y tiempo para N y P. Los contrastes realizados indican mayores contenidos de N en T3 respecto a T0 en los tres ciclos, y de T1 y T2 respecto al testigo en C1; mayores contenidos de P en T1, T2 y T3 respecto a T0 en todas las fechas, a la vez fueron mayores en T3 respecto a T1 y T2 en los tres ciclos. La EE fue menor en el testigo respecto a los tratamientos con CCP, observándose una tendencia creciente en estabilidad con el aumento de dosis de CCP y una disminución en el tiempo. La DA fue mayor en T0 respecto a los tratamientos con CCP, observándose un aumento con el tiempo. La PT presentó una tendencia inversa a la DA. La RP de 0 a 10 cm en el C1 fue mayor en T0 respecto a los tratamientos con CCP, observándose un aumento en el tiempo en los espesores 0 a 10 cm y 10 a 20 cm, con valores absolutos por debajo de los críticos en todos los casos. Los valores de I en todos los tratamientos y ciclos no fueron limitantes para el cultivo. En las condiciones en que se realizó la tesis, la aplicación de CCP al suelo permite aumentar el RPF, AF y RPS del cultivo de lechuga, disminuyendo el IC* y el porcentaje de MS en los dos primeros ciclos. De acuerdo al análisis sensorial el producto obtenido en suelos que recibieron CCP, presenta alta probabilidad de ser elegido por el consumidor. Respecto a la condición edáfica, el uso de CCP tuvo efecto sobre el aumento del contenido de CO, MO, P y N, no presentando mayor influencia en la relación C/N y el pH. Por otra parte se observó un incremento de la PT y la EE, y una disminución de la DA y la RP en el estrato de 0-10 cm. La utilización del CCP en sistemas hortícolas es una alternativa viable, que permite aprovechar y optimizar los residuos generados por el sistema de producción porcina de cama profunda, disminuyendo riesgos ambientales.Ítem Acceso Abierto Aplicación de mutagénesis in vitro en genotipos INTA de caña de azúcar para la generación de variabilidad genética(INTA, 2020-12-17) Di Pauli, Valentina; Lewi, Dalia Marcela; Fontana, Paola DanielaEl mejoramiento genético de la caña de azúcar se enfrenta a su complejo genoma, la estrecha base genética y la baja fertilidad de los cultivares modernos que dificultan la obtención de genotipos superiores. La mutagénesis in vitro es una herramienta alternativa para generar variabilidad genética, combinando la variación somaclonal generada por el cultivo in vitro y la inducción de mutaciones. Por otro lado, la embriogénesis somática es una excelente vía de regeneración de plantas mutantes, ya que disminuye la frecuencia de aparición de quimeras. En caña de azúcar, la formación de callos embriogénicos y la regeneración de plantas varían según el genotipo. En este trabajo, se estudió la respuesta a la embriogénesis somática de cinco genotipos desarrollados y/o seleccionados por el Programa de Mejoramiento Genético de Caña de Azúcar de INTA, con el objetivo de identificar genotipos adecuados para la aplicación de mutagénesis in vitro.