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Ítem Acceso Abierto Análisis factorial múltiple mixto para la identificación de clones de banana (MUSA SPP.)(2021-04-26) Del Médico, Ana Paula; Tenaglia, Gerardo; Vitelleschi, María Susana; Lavalle, Andrea; Pratta, Guillermo Raúl; Secretaría de Ciencia y Tecnología. Facultad de Ciencias Económicas y Estadística. Universidad Nacional de RosarioEl Análisis Factorial Múltiple (AFM) es una técnica estadística apropiada para el tratamiento de datos donde un mismo conjunto de individuos se describe a través de varios grupos de variables. Cuando uno de ellos está conformado por variables cuantitativas y el otro por cualitativas, surge el Análisis Factorial Múltiple Mixto (AFMmix). Con el objetivo de caracterizar un conjunto de clones de banana (Musa spp.) se aplicó la técnica de AFMmix. Se evaluaron 2 grupos de variables concernientes con la aptitud agronómica de los clones, uno conformado por 9 variables fenotípicas cuantitativas y el otro por 3 variables fenotípicas cualitativas. Los dos primeros ejes del AFMmix explicaron un 49,47% de la variabilidad total de los datos. Los atributos cuantitativos que más contribuyeron a la formación del primer eje fueron altura y diámetro de la planta, peso del raquis y peso de manos. Los caracteres cualitativos que más aportaron a dicho eje fueron tamaño de racimo y prolificidad de la mano. En el segundo eje no se observaron contribuciones considerables de las variables cuantitativas, sin embargo, sí lo hizo el carácter cualitativo foliosidad. En síntesis, mediante la técnica de AFMmix se logró caracterizar al conjunto de clones de banana por los caracteres cuantitativos y cualitativos. Esto posibilitó identificar los clones de manera tal que permitió determinar un subconjunto que presente la mayor diversidad teniendo en cuenta ambos tipos de caracteresÍtem Acceso Abierto Bioinformática en el estudio de la madurez de frutos de tomate(2014-11) Macat, Paula Belén; Kovalevski, Leandro Oscar; Quaglino, Marta Beatriz; Pratta, Guillermo Raúl; Secretaría de Ciencia y Tecnología. Facultad de Ciencias Económicas y Estadística. Universidad Nacional de RosarioLa presencia global de todas las bandas de polipéptidos (definida como proporción de poli-péptidos presentes) en los 4 estados de madurez para los 15 genotipos fue de 0.52, con valores de 0.46 en VM, 0.55 en el RP, 0.53 en RMp y 0.54 en RMe. La presencia global mí-nima y máxima de cada banda varió entre 0.05 (casi ausente) y 1 (presencia completa) para dos polipéptidos dados. Para la mayoría de las bandas de polipéptidos, su presencia varía a través de los diferentes estados de madurez. Algunos polipéptidos fueron más frecuentes en las etapas de madurez más avanzadas, mientras que otros estaban sólo presentes en las primeras etapas. Una mayor variación entre los genotipos para la expresión de proteínas fue encontrada en los estados VM y RMp mediante el AC (Tabla 1), apoyando la hipótesis de que es de espe-rar una diversidad genética más amplia para los rasgos del fruto que están menos expues-tos a las presiones de la selección natural (Marchionni Basté et al., 2014).Ítem Acceso Abierto Caracterización fenotípica y molecular de dos poblaciones de Panicum coloratum var. makarikariense(FCA-UNR, 2021-04-16) Moresco Lirusso, María Florencia; Felitti, Silvina Andrea; Pratta, Guillermo RaúlPanicum coloratum is a species of C4 type grass native to South Africa. In Argentina it is valued for its production of good quality forage in environments where resources are limiting, although it is scarcely diffused in current livestock systems. The purpose of this study was to evaluate the potential of two cultivars of Panicum coloratum var. makarikariense with respect to caryopses drop, germination and panicle morphology. Drop was evaluated weekly using caryopse traps. The results showed significant differences between cultivars in both years. The caryopses fall peak occurred on the same date for both cultivars, although that occurred in different weeks. The behavior was not influenced by environmental conditions and both cultivars produced seeds with high germination percentages in the different treatments. High variance and positive, high and significant correlations were found for various variables referring to panicle morphology, by means of the Principal Component Analysis for both years and for all the data as a whole. In all cases, the first two Principal Components were able to explain a high percentage of the total variability. Heritability estimates in the narrow sense were also made using the progeny-parent regression method for the trait "caryopsis drop" over two years. The estimates were made on the aforementioned morphological character, having previously selected 18.75% of the individuals of the Kapivera cultivar and 28.57% of the individuals of the Bambatsi cultivar. The only significant value obtained was in week 5, which gives an indication of the existence of additive genetic variance and also its stability. The results achieved with respect to h2 for the other weeks under study were statistically non-significant, indicating the absence of additive variance for the trait under study compared to the genetic context. The ISSR molecular markers allowed to confirm the existence of genetic variability between cultivars and within individuals of the same cultivar through bands and unique alleles per genotype. The individuals of the Kapivera cultivar have been able to genetically differentiate themselves from the individuals of the Bambatsi cultivar by detecting loci and alleles that differentiate both cultivars. These markers proved to be effective for the distinction of the cultivars analyzed and a wide variability has been observed in the species. The information provided in this work enriches the knowledge of the behavior of the main phenotypic characters associated with the performance of Panicum coloratum var. makarikariense, offering tools to assist genetic improvement in the search for an increase in crop yield. The characterization of the genetic diversity within the cultivars of P. coloratum var. makarikariense using ISSR markers widely used in grasses constitutes a fundamental step for its potential incorporation into breeding programs developed in the species.Ítem Acceso Abierto Caracterización fenotípica y molecular de las generaciones segregantes de tres híbridos de segundo ciclo en tomate: validación de QTLs asociados a la calidad de los frutos(2017) Cabodevila, Victoria Guadalupe; Pratta, Guillermo Raúl; Picardi, Liliana AmeliaEl tomate es una de las hortalizas de mayor importancia económica mundial. A través del cruzamiento entre el cultivar argentino Caimanta de Solanum lycopersicum y la accesión LA722 de la especie silvestre S. pimpinellifolium mediante un programa de selección divergente-antagónica para el peso y la vida poscosecha de los frutos, se desarrollaron 17 líneas endocriadas recombinantes (RIL). Como resultado del cruzamiento entre RIL es posible obtener los llmados híbridos de segundo ciclo (HSC). En estos HSC es viable encontrar una nueva variabilidad genética por recombinación de los genes seleccionados durante la obtención de las RIL progenitoras. El objeto de la Tesis fue caracterizar fenotípica y molecularmente tres generaciones F2 obtenidas de la autofecundación de tres HSC (RIL18x RIL1, RIL1xRIL8 y RIL1xRIL5), determinar la variabilidad existente en los dos niveles de caracterización, identificar regiones genómicas asociadas a caracteres de calidad de los frutos y seleccionar una generación segregante para iniciar un nuevo programa de mejoramiento. La caracterización molecular de las tres generaciones F2 utilizando seis combinaciones de cebadores de AFLP (Polimorfismo en la Longitud de los Fragmentos Amplificados) originó en todas las poblaciones un número de bandas superior a 100 y un porcentaje de bandas polimórficas superior al 57 %, determinando la presencia de una alta variabilidad molecular en todas las poblaciones. En el nivel fenotípico se evaluaron los caracteres del fruto: diámetro, altura, índice de forma, peso, vida poscosecha, firmeza, cociente de absorbancias (a/b), porcentaje de reflectancia (L), pH, sólidos solubles y acidez titulable. La variabilidad generada fue evidenciada dado que, en la mayoría de los casos, se identificaron individuos F2 que tuvieron valores superiores o inferiores a los valores promedio de las RIL. Por otro lado, la aplicación de diferentes herramientas multivariadas permitió conocer, en una primera aproximación integral, las diferentes estrucuturas de las poblaciones. En el Análisis de Componentes Principales, en las tres generaciones, fueron necesarias las primeras cuatro componentes para explicar cerca del 80 % de la variabilidad fenotípica. Analizando la variabilidad molecular con el Análisis de Coordenadas Principales, para obtener el mismo porcentaje de variabilidad, fueron necesarias 12 o más coordenadas. El consenso obtenido entre ambas clases de variabilidad por un Análisis de Procrustes Generalizado fue superior al 64 % en todas las F2. La alta asociación entre la información en los niveles fenotípico y molecular encontrada en esta primera aproximación fue profundizada mediante la estimación de diferentes parámetros genéticos y la detección de QTLs (loci de caracteres cuantitativos) por métodos convencionales. Respecto al grado de dominancia, en general, predominó la dominancia completa, aunque también se observó dominancia parcial, sobredominancia y aditividad pura, pero en menor medida. Por otro lado, las trees generaciones presentaron los mayores valores de heredabilidad para los caracteres pH, sólidos solubles y acidez titulable. Se detectó un amplio número de QTLs para la mayoría de los caracteres en las tres generaciones, aunque ninguno de ellos se pudo validadr ya que no fueron comunes. La generación F2 del HSC RIL18xRIL1 presentó el mayor número de QTLs detectados y asociados a todos los caracteres; en consecuencia, fue seleccionada para hacer una caracterización molecular más exhaustiva y derivación de familias F3. En relación a la caracterización molecular se llevó a cabo utilizando marcadores de tipo SSR (Repeticiones de Secuencia Simple) y SNP (Polimorfismo de Nucleótido Simple). Por un lado, se utilizaron 12 combinaciones de cebadores de SSR de los cuales el 92 % resultaron ser polimórficos. Con estos SSR polimórficos se detectó un total de siete QTLs para peso, vida poscosecha, ambos atributos de color (L y a/b), sólidos solubles y acidez titulable. Dos de ellos (asociados a a/b y a vida poscosecha) pudieron ser validados ya que también fueron identificados en una población retrocruza relacionada. Por otro lado, al disponer de las secuencias de Caimanta y la accesión LA722, se desarrollaron marcadores altamente específicos del tipo SNP. Se utilizaron 130 SNP localizados en los 12 cromosomas de la especie cultivada. De ellos, sólo el 59 % segregaron en los individuos de la generación F2, y con ellos se detectaron siete QTLs para diámetro, peso e índice de forma. Se elaboró un mapa físico y genético. Mediante el primero, se pudo estimar que las regiones no segregantes fueron levemente superiores al 50 % mientras que el porcentaje de regiones segregantes fue uno de los puntos por debajo del 50 % (46%). En cuanto al mapa genético, se obtuvieron 23 grupos de ligamiento. En relación al avance a la siguiente generación de autofecundación, aplicando criterios fenotípicos y moleculares se seleccionaron 18 individuos F2 para obtener las familias F3, que fueron caracterizadas fenotípicamente para los mismos atributos que sus progenitores. Se detectaron heredabilidades en sentido estricto significativas para diámetro, altura, índice de forma, peso, pH y acidez titulable. Se concluye que a través de la caracterización fenotípica y molecular con los diferentes tipos de marcadores de ADN utilizados se pudo corroborar que los HSC presentan combinaciones genotípicas favorables entre los genes que fueron seleccionados en generaciones previas. Estas nuevas combinaciones originaron variabilidad genética en el nivel molecular y fenotípico. También fue posible identificar numerosos QTLs mediante los diferentes marcadores moleculares y validar alguno de ellos. Con la información obtenida en estas generaciones tempranas se seleccionaron individuos dentro de la población base seleccionada para obtener familias F3, para iniciar en base a estos resultados un nuevo programa de mejoramiento genético para los caracteres de calidad de fruto.Ítem Acceso Abierto Diversidad genética y uso de recursos genéticos de Musa (AAA) subgrupo "Cavendish" seleccionados para su comportamiento agronómico en la provincia de Formosa(Facultad de Ciencias Agrarias. UNR, 2024) Tenaglia, Gerardo Carlos; Pratta, Guillermo Raúl; Beltrán, CelinaEl banano es cultivado en todas las regiones tropicales y algunas subtropicales del mundo. Se produce en 119 países y solo el 20% de la producción mundial se destina al comercio internacional, lo que indica que la banana es producida para el mercado interno. La región subtropical húmeda de la provincia de Formosa (lat -25.2024130o; log -58.1212980o), permite el desarrollo económico del cultivo, pese a las condiciones invernales que lo afectan y una producción de manera totalmente extensiva. Existen en ella recursos genéticos que no han sido caracterizados previamente y constituyen una enorme posibilidad de encontrar genotipos superiores. Sin embargo, para poder ser utilizados, deben ser identificados y caracterizados en su respuesta frente a los factores, abióticos, bióticos y a la introducción de nuevas tecnologías. Una amplia gama de polimorfismo molecular, analizada por Polimorfismo por Amplificación de Longitud de Fragmentos (AFLP) sobre una muestra de 44 clones procedentes de seis productores y dos cultivares, se halló este nivel de polimorfismo (100%), que podría ser debido a la forma de introducción y a la consecuencia en la adaptación a ambientes subtropicales. La alta diversidad molecular observada y agrupada por análisis multivariado demuestra una superposición de genotipos entre productores; sin embargo, con algunos rasgos distintivos entre ellos. Los resultados del AMOVA demuestran que la variación es mayor dentro de los campos productores y no entre grupos de genotipos de campos. Los análisis multivariados junto con los resultados del AMOVA son fundamentos básicos de que existe diversidad molecular en los campos de productores. Mediante el cultivo de variedades internacionales, se demostró que las condiciones agroecológicas de Formosa son aptas para la producción comercial. En estas condiciones, se observó que las variaciones fenotípicas, de las variedades internacionales, para ciertas variables (altura de planta, circunferencia del pseudotallo, número de manos a floración, peso del raquis y peso total) están altamente influenciadas por las variaciones genotípicas. En cambio, otras variables (hojas a floración, fecha de bolsa, fecha de cosecha, hojas a cosecha, peso de la mano de 5 a 9, longitud del dedo de la segunda mano, diámetro del dedo de la última mano y grosor de la cáscara) se deben únicamente a variaciones ambientales. Para unas pocas variables, se determinó una influencia intermedia entre factores genotípicos y ambientales. Habiéndose detectado esto, la caracterización de un conjunto de clones recolectado en campo de productores evidenció que hay biodiversidad para caracteres de interés productivo a partir de la cual es posible, conformar la primera variedad local y la conformación de un banco de germoplasma. Los mejoradores a menudo tienen dificultades para resumir y describir con precisión el éxito de un clon. Por eso, se propone un Índice de Selección (IS) a través de un enfoque multivariado para estimar la variabilidad genética en el conjunto de clones original en relación a la variación fenotípica expresada, que proporcione un marco para la toma de decisiones en las regiones subtropicales. Como aplicación agronómica se puede inferir un fenotipo para el NEA, altura de planta de 3,50 m a 3,80 m; circunferencia de pseudotallo superior a los 80 cm; 11 manos a floración; llegar a cosecha con 4 a 5 hojas; longitud de los dedos superior a 24 cm, diámetro de los dedos de 40 mm y grosor de cáscara que supere los 4,00 mm. Sin embargo, existe marcada variabilidad ambiental en la provincia de Formosa, tanto dentro de una misma zona geográfica entre años, como entre zonas que se encuentran a escasa distancia. Por estos motivos, ese fenotipo debe ser expresado por genotipos diferentes, de forma tal que la variedad a lograr tenga homeostasis genética. En consecuencia, se deben conformar variedades equivalentes a las multilíneas de las especies de reproducción sexual. Como resultado de esta propuesta, se obtuvieron tres grupos fenotípicos que difieren para afrontar esta variabilidad climática. Para conservar esta variabilidad, la aplicación del Análisis Factorial Múltiple Mixto (AFMM) permitió caracterizar al conjunto de clones de banana por caracteres cuantitativos y cualitativos. En efecto, para establecer criterios objetivos y mensurables para identificar un subconjunto de clones que presente la mayor diversidad, con los que se conformará un Banco de Germoplasma, se deberían tener en cuenta ambos tipos de caracteres. El IS construido a partir de este análisis permitió reducir a un 29 % aproximadamente el número de clones a conservar en un banco de germoplasma, manteniendo los niveles de variabilidad recolectada. La evaluación fenotípica de los valores medios y las variancias en caracteres de interés agronómico, corroboró que este grupo de 40 clones conserva la variabilidad de la población original. Adicionalmente, la evaluación de la estructura de covariación en los tres grupos evaluados (población total en estudio, clones promisorios y clones para banco de germoplasma), fue congruente con el logro de los objetivos planteados para los dos procesos de selección realizados, uno tendiente a obtener variedades adaptadas a las condiciones locales y el otro tendiente a conservar la variabilidad.Ítem Acceso Abierto Multivariate estimate of heritability for quality traits in tomatoes by the multiple factor analysis(Embrapa Secretaria de Pesquisa e Desenvolvimento, 2019-04-11) Del Medico, Ana Paula; Cabodevila, Victoria Guadalupe; Vitelleschi, María Susana; Pratta, Guillermo RaúlÍtem Acceso Abierto Tomato second cycle hybrids as a source of genetic variability for fruit quality traits(Brazilian Association of Plant Breeding, 2016-10) Pereira da Costa, Javier Hernán; Rodríguez, Gustavo Rubén; Liberatti, David Raúl; Mahuad, Sabina Lara; Marchionni Basté, Ezequiel; Picardi, Liliana Amelia; Zorzoli, Roxana; Pratta, Guillermo RaúlÍtem Acceso Abierto Whole genome re-sequencing analysis of two tomato genotypes for polymorphism insight in cloned genes and a genetic map construction(Elsevier, 2019) Cambiaso, Vladimir; Pratta, Guillermo Raúl; Pereira da Costa, Javier Hernán; Zorzoli, Roxana; Francis, David Merrel; Rodríguez, Gustavo Rubén