Diseño de una arquitectura en pipeline para la descarga y análisis de secuencias de promotores en Solanum lycopersicum
| dc.contributor.advisor | Arce, Débora | |
| dc.creator | Pistilli Neri, Alejandro Damián | |
| dc.date.accessioned | 2018-09-07T14:41:48Z | |
| dc.date.available | 2018-09-07T14:41:48Z | |
| dc.date.issued | 2016 | |
| dc.description | Se presenta el desarrollo de una arquitectura en pipeline que automatiza la descarga de promotores de Solanum lycopersicum desde la Sol Genomics Network y luego los analiza con el programa MEME y TOMTOM. El código está disponible en www.github.com/lalebot/pip-prom-tom y utiliza Git como software de versionado de software. Se combina el uso de threads en Python, expresiones regulares y base de datos SQLite que conjuntamente disminuyen el tiempo de descarga de los promotores y optimiza la utilización de recursos informáticos. La presente metodología es potencialmente aplicable a otras áreas biológicas. | es |
| dc.description | Design an instruction pipeline for download and analysis of promoter sequences in Solanum lycopersicum This work presents the development of an instruction pipeline that automates the download of Solanum lycopersicum promoters from the Sol Genomics Network and then analyzes them using the MEME and TOMTOM programs. The code is available at www.github.com/lalebot/pip-prom-tom and uses Git as software versioning. It combines the use of threads in Python, regular expressions and SQLite database, all of which reduce the download time of the promoters and optimize the use of computer resources. This methodology is potentially applicable to other biological areas. | es |
| dc.description.fil | Pistilli Neri, Alejandro Damián. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias. Argentina | es |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.identifier.other | 554 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/2133/12340 | |
| dc.language.iso | spa | es |
| dc.rights | openAccess | es |
| dc.rights.holder | Alejandro Damián Pistilli Neri | es |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ | * |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ | * |
| dc.subject | tecnologías de secuenciación | es |
| dc.subject | plataformas bioinformáticas | es |
| dc.subject | pipeline | es |
| dc.subject | Solanum lycopersicum | es |
| dc.subject | recursos informáticos | es |
| dc.subject | Automatización de promotores | es |
| dc.title | Diseño de una arquitectura en pipeline para la descarga y análisis de secuencias de promotores en Solanum lycopersicum | es |
| dc.type | masterThesis | |
| dc.type | Tésis de Maestría | |
| dc.type | acceptedVersion |