Structural features of the plant N-recognin ClpS1 and sequence determinants in its targets that govern substrate selection

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dc.citation.titleFEBS Letters
dc.citation.volume595
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0001-5776-3306
dc.contributor.orcidhttps://orcid.org/0000-0002-8313-6813
dc.contributor.otherDr. Song, Hyun-kyu: provide the coordinates of ClpS1 (PDB 7d34)
dc.creatorAguilar Lucero, Dianela Ailin
dc.creatorCantoia, Alejo
dc.creatorSánchez López, Carolina
dc.creatorBinolfi, Andrés
dc.creatorMogk, Axel
dc.creatorCeccarelli, Eduardo Augusto
dc.creatorRosano, Germán L.
dc.date.accessioned2024-12-20T13:02:17Z
dc.date.available2024-12-20T13:02:17Z
dc.date.issued2021-06-14
dc.description.abstractIn the N-degron pathway of protein degradation of Escherichia coli, the N-recognin ClpS identifies substrates bearing N-terminal phenylalanine, tyrosine, tryptophan, or leucine and delivers them to the caseinolytic protease (Clp). Chloroplasts contain the Clp system, but whether chloroplastic ClpS1 adheres to the same constraints is unknown. Moreover, the structural underpinnings of substrate recognition are not completely defined. We show that ClpS1 recognizes canonical residues of the E. coli N-degron pathway. The residue in second position influences recognition (especially in N-terminal ends starting with leucine). N-terminal acetylation abrogates recognition. ClpF, a ClpS1-interacting partner, does not alter its specificity. Substrate binding provokes local remodeling of residues in the substrate-binding cavity of ClpS1. Our work strongly supports the existence of a chloroplastic N-degron pathway.
dc.description.filFil: Aguilar Lucero, Dianela Ailin. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Cantoia, Alejo. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Sánchez López, Carolina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Binolfi, Andrés. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Binolfi, Andrés. Plataforma de Biología Estructural y Metabolómica (PLABEM-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Mogk, Axel. Zentrum für Molekulare Biologie der Universität Heidelberg. DKFZ-ZMBH Alliance; Germany.
dc.description.filFil: Ceccarelli, Eduardo Augusto. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.filFil: Rosano, Germán L. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR-CONICET); Argentina.
dc.description.sponsorshipDeutscher Akademischer Austauschdienst (DAAD)
dc.description.sponsorshipSecretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación de la Ciudad de México (SECTEI CDMX)
dc.description.sponsorshipAgencia Nacional de Promoción de la Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación (Agencia I+D+i): PICT 2018-4494, PICT 2014-0825
dc.description.sponsorshipUniversidad Nacional de Rosario: UNR BIO497
dc.description.versionpeerreviewed
dc.format.extent1-17
dc.identifier.citationAguilar Lucero, D., Cantoia, A., Sánchez López, C., Binolfi, A., Mogk, A., Ceccarelli, E.A. and Rosano, G.L. (2021). Structural features of the plant N-recognin ClpS1 and sequence determinants in its targets that govern substrate selection. FEBS Letters, 595(11), 1525-1541. https://doi.org/10.1002/1873-3468.14081
dc.identifier.e-issn1873-3468
dc.identifier.issn0014-5793
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/2133/28503
dc.language.isoen
dc.publisherFederation of European Biochemical Societies
dc.relation.publisherversionhttps://doi.org/10.1002/1873-3468.14081
dc.relation.publisherversionhttps://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/1873-3468.14081
dc.rightsopenAccess
dc.rights.holderAguilar Lucero, Dianela Ailin
dc.rights.holderCantoia, Alejo
dc.rights.holderSánchez López, Carolina
dc.rights.holderBinolfi, Andrés
dc.rights.holderMogk, Axel
dc.rights.holderCeccarelli, Eduardo Augusto
dc.rights.holderRosano, Germán L.
dc.rights.holderUniversidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas
dc.rights.textAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalen
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.subjectAdaptor
dc.subjectArabidopsis thaliana
dc.subjectChloroplast
dc.subjectN-degron pathway
dc.subjectClpS1
dc.subjectProteolysis
dc.titleStructural features of the plant N-recognin ClpS1 and sequence determinants in its targets that govern substrate selection
dc.typearticulo
dc.type.collectionarticulo
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