Identificación de sustratos del sistema proteolítico Clp bacteriano

Abstract

El balance entre síntesis y degradación proteica es crucial para mantener la homeostasis celular. En bacterias, el sistema proteolítico Clp, compuesto por la chaperona ClpA, la proteasa ClpP y el adaptador ClpS, desempeña un papel esencial en la degradación de proteínas mal plegadas o marcadas para eliminación. Este trabajo se centra en la identificación de los sustratos del sistema Clp mediante el uso de herramientas experimentales avanzadas. Se purificaron proteínas recombinantes clave, incluido un sustrato modelo (FR-link-GFP), y se implementaron ensayos funcionales de degradación in vitro utilizando espectroscopía de fluorescencia para confirmar la actividad del sistema Clp recombinante. Además, se empleó biotinilación por etiquetado de proximidad con ClpS-TurboID, lo que permitió biotinilar covalentemente interacciones transitorias con proteínas en un radio cercano. Finalmente, se identificaron las proteínas biotiniladas a partir de extractos de Escherichia coli mediante espectrometría de masas, identificando posibles sustratos del sistema Clp. Los hallazgos contribuyen al entendimiento de la selectividad y funcionalidad del complejo Clp en bacterias, y establecen una base para futuros estudios sobre su impacto en la fisiología celular.