Análisis bioinformático de bacteriófagos activos sobre Staphylococcus aureus : su aplicación para el diseño de fagos a medida

Abstract

Staphylococcus aureus es un patobionte de humanos y otros mamíferos, capaz de causar un amplio espectro de enfermedades, desde cuadros leves hasta infecciones severas. Actualmente, se encuentra en la lista prioritaria de patógenos de la Organización Mundial de la Salud (OMS) debido al creciente problema de resistencia a los antimicrobianos. Frente a esta amenaza, ha resurgido el interés por los bacteriófagos, enemigos naturales de las bacterias y, por ende, potenciales agentes terapéuticos. La aplicación de bacteriófagos o sus proteínas en ámbitos como la medicina, la industria alimentaria o la química requiere una caracterización rigurosa de los mismos mediante herramientas bioinformáticas, que permita detectar posibles riesgos -como genes de virulencia- y facilitar su diseño y mejora funcional. Durante el desarrollo de esta tesis, se anotaron y caracterizaron catorce genomas de fagos activos sobre S. aureus aislados en el Laboratorio de Microbiología Molecular de la Facultad de Cs. Médicas de la Universidad de Rosario. Además, se desarrollaron distintos protocolos de trabajo (pipelines) bio-informáticos que permiten automatizar distintos análisis y se implementaron algoritmos específicos para la caracterización y clasificación de dichos genomas y de genes y proteínas particulares. Cada pipeline fue diseñado de forma modular permitiendo integrar información de distintas fuentes, ya sea interna (como la salida de otros análisis) o externa, y posibilitando la selección de manera flexible de los procedimientos a aplicar.