Examinando por Autor "Zorzoli, Roxana"
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Ítem Acceso Abierto Construcción de un mapa y detección de QTLs asociados a la vida poscosecha y calidad de los frutos en un cruzamiento interespecífico de tomate(2017-03-16) Cambiaso, Vladimir; Zorzoli, Roxana; Pratta, Guillermo R.; Rodríguez, Gustavo R.En el cultivo de tomate (Solanum lycopersicum L.) la calidad de los frutos juega un rol muy importante tanto en la elección de los cultivares por parte de los productores como en la demanda del producto obtenido por parte de los consumidores, siendo la prolongación de la vida poscosecha de los frutos un carácter altamente apreciado para la comercialización en fresco. El objetivo de este trabajo fue localizar en mapas de ligamiento construidos a partir de cruzamientos recíprocos entre el cultivar nacional Caimanta (C) de la especie S. lycopersicum L. y la accesión LA722 (P) de la especie silvestre S. pimpinellifolium L., QTL (Quantitative Trait Loci, o loci de caracteres cuantitativos) de larga vida poscosecha y otros caracteres que hacen a la calidad del fruto. Se evaluó el polimorfismo entre los progenitores para los caracteres fenotípicos. También se analizó el polimorfismo total a nivel de ADN entre los progenitores de los cruzamientos a través de la secuenciación de sus genomas. Se evidenciaron diferencias significativas entre los progenitores para todos los caracteres fenotípicos analizados y se detectaron 1.398.056 polimorfismos de tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism o polimorfismos de nucleótido simple) e InDel (inserciones/ deleciones) distribuidos en los 12 cromosomas. Los polimorfismos de tipo SNP también fueron utilizados para comparar ambos genotipos con un conjunto de 35 cultivares representativos de la amplia variabilidad dentro del germoplasma cultivado de tomate. Un total de 229 SNP distribuidos en todo el genoma, se usaron para realizar la caracterización genotípica de los 37 materiales y mediante un análisis de conglomerados se logró agrupar a la accesión LA722 junto con los cultivares de tamaño pequeño y al cultivar Caimanta junto con genotipos clasificados como materiales modernos para consumo en fresco y para procesamiento industrial. Invirtiendo la función sexual (macho o hembra) de los progenitores se obtuvieron las generaciones F1 recíprocas (F1 CxP y F1 PxC) y por autofecundación se lograron las poblaciones F2 (F2 CxP y F2 PxC). Se evaluaron fenotípicamente diez plantas de cada F1 y 120 de cada F2 con el objetivo de estimar efectos recíprocos para caracteres de calidad de fruto. Se demostró la existencia de efectos recíprocos en la determinación de algunos caracteres de calidad de fruto, tales como peso, diámetro, altura y vida poscosecha tanto en las generaciones F1 como en las F2. Se desarrollaron 183 marcadores moleculares de ADN para, junto a otros marcadores disponibles, caracterizar genotípicamente ambas poblaciones F2 y construir dos mapas de ligamiento. La longitud total del mapa de ligamiento obtenido para la F2 CxP fue de 1.495,6 centimorgan (cM) con una distancia promedio entre dos marcadores consecutivos de 10,3 cM y una distancia máxima de 43,8 cM, mientras que para la F2 PxC fue de 1.424,4 cM con una distancia promedio entre dos marcadores consecutivos de 13,7 cM y una distancia máxima de 49,3 cM. A partir de la obtención de los mapas se realizó la detección de QTL mediante el mapeo por intervalos. En la población F2 CxP se detectó un QTL en el cromosoma 11 para vida poscosecha y 15 QTL asociados a otros caracteres de calidad de fruto. En la población F2 PxC se detectaron dos QTL para vida poscosecha, uno en el cromosoma 3 y otro en el 5 y 31 QTL asociados a otros caracteres de calidad de fruto. En ambas poblaciones solo se detectaron asociaciones a las mismas regiones cromosómicas para los caracteres: diámetro y peso de fruto en el cromosoma 1 (en una región cercana al QTL fw1.2); número de lóculos, diámetro y forma de fruto en el cromosoma 11 (en una región cercana al gen FAS) y para el parámetro L de color de fruto en el cromosoma 7 (en una región cercana al QTL fc7.1 y al L*.7F). Todos los demás QTL detectados fueron exclusivos de una u otra población F2 confirmando que según la dirección del cruzamiento inicial distintas regiones cromosómicas toman relevancia en la determinación de los caracteres de calidad de fruto evaluados. Los resultados obtenidos demuestran que se detectaron diferentes QTL asociados a la vida poscosecha y a caracteres de calidad de fruto en poblaciones F2 recíprocas obtenidas a partir del cruzamiento entre el cultivar Caimanta y la accesión silvestre LA722. .Ítem Acceso Abierto Efecto de regiones cromosómicas de Solanum pimpinellifolium sobre caracteres que afectan la calidad de fruto en el contexto genético del tomate cultivado(2017) Luciani, Marianela D.; Zorzoli, Roxana; Rodríguez, Gustavo R.El tomate (Solanum lycopersicum L.) es una de las hortalizas que más se consume en Argentina, constituyendo una fuente esencial de nutrientes para la dieta humana. El principal destino de la producción en nuestro país es el consumo en fresco, donde la calidad de los frutos juega un rol trascendental. Además, un carácter de fundamental importancia para la comercialización del fruto fresco es la prolongación de la vida poscosecha. En nuestro país, el desarrollo de nuevas variedades de tomate ha estado relegado y los materiales comercializados provienen de semillas importadas desarrolladas para otros ambientes y condiciones de cultivo, que además, carecen de la calidad requerida por los consumidores. Frente a la reducida variabilidad genética en el germoplasma cultivado, las especies de tomate silvestres se vuelven importantes recursos para enriquecer las bases del cultivo con alternativas génicas que mejoren la calidad, la adaptación y la productividad. En este trabajo se recurrió a la especie silvestre S. pimpinellifolium como fuente de variabilidad y de genes para la mejora de la calidad del fruto. Los objetivos fueron demostrar el efecto fenotípico sobre caracteres de calidad de fruto de regiones cromosómicas introgresadas desde S. pimpinellifolium en el contexto genético del cultivar Caimanta, y obtener un nuevo acervo genético mejorado basado en Caimanta que resulte adaptado a las condiciones de cultivo locales. A través de un esquema de mejoramiento basado en retrocruzas se buscó la obtención de nuevas líneas similares al cultivar (NILs) con aportes de la especie silvestre para mejorarlo. Se partió del cruzamiento inicial entre el cultivar argentino tipo platense denominado Caimanta y la accesión LA722 de S. pimpinellifolium, y en cada ciclo de retrocruza hacia el padre cultivado se realizaron análisis fenotípicos y moleculares para la selección de plantas de interés. En un principio, se estudiaron generaciones avanzadas del cruzamiento (familias BC2S1 y generación BC3) para explorar el germoplasma silvestre. En las familias BC2S1 se hallaron 20 QTLs (p ≤ 0,01) asociados al diámetro, altura, forma, peso, número de lóculos, parámetro de color a/b, firmeza y acidez titulable del fruto. En la BC3, se encontraron diez QTLs (p ≤ 0,01) asociados al diámetro, forma, peso, vida poscosecha y firmeza. El menor número de asociaciones en la BC3 se relaciona, al menos en parte, con la mayor recuperación del genoma recurrente. Además, la comparación a través de las generaciones permitió la validación de 38 asociaciones a diferentes caracteres de calidad. Mediante estos análisis de QTLs, se detectaron diversas regiones genómicas relacionadas a la calidad del fruto en S. pimpinellifolium, resultando una valiosa herramienta para identificar loci con efectos deseados para el mejoramiento. Siguiendo una metodología que articuló los estudios de QTLs con el desarrollo de nuevas variedades dentro de un mismo proceso, se obtuvieron 22 nuevas líneas de tomate, cada una llevando aportes del genoma silvestre en el fondo genético cultivado. Se emplearon análisis fenotípicos y moleculares (marcadores SSR) para asistir la introgresión de regiones genómicas asociadas a caracteres de calidad del fruto y la recuperación del genoma de Caimanta, avanzando en los estudios genéticos simultáneamente al desarrollo de nuevos materiales. Esta estrategia permitió optimizar la selección de plantas con características idóneas en cada retrocruza, lográndose una mejora significativa de la eficiencia en cuanto a tiempos y cantidad de materiales requeridos y alcanzándose las primeras NILs en generaciones tempranas (BC3 y BC4). Una caracterización molecular complementaria reveló que las introgresiones silvestres en las líneas obtenidas no eran únicas, reclasificándolas como pre-NILs y señalando la importancia de incorporar más marcadores en los estudios para el adecuado control de la recuperación del genoma recurrente y de la calidad de las líneas. Se detectaron introgresiones silvestres adicionales en las 22 líneas, con un total de 120 en todo el conjunto y un promedio de 5,5 por línea. Aun así, estas pre-NILs representan importantes recursos que acercan la variabilidad silvestre, haciéndola disponible a fitomejoradores y genetistas. En este trabajo, notables diferencias fueron halladas entre las generaciones, algunos QTLs se fueron perdiendo y otros nuevos fueron emergiendo al avanzar en las retrocruzas. El efecto final de la introgresión silvestre en la pre-NIL resultó bastante menor que lo previsto por los análisis de QTLs en las generaciones tempranas, indicando que estos análisis fueron bajos predictores del comportamiento final en la pre-NIL. Estas observaciones muestran una baja conservación y una fuerte dependencia del background genético en los estudios de QTLs. En general, las pre-NILs obtenidas exhibieron buenos atributos de calidad, e incluso varias superaron al progenitor cultivado para diversos rasgos. Estas líneas presentaron valores discrepantes para caracteres como el tamaño, la forma, la vida poscosecha, el color, la firmeza, los sólidos solubles y la acidez de los frutos, representando materiales de alto valor agronómico y siendo algunas muy promisorias para constituir nuevos cultivares con beneficios en la calidad. Además, estas pre-NILs posibilitaron conocer algunas de las regiones genómicas que controlan rasgos relacionados a la calidad del fruto, adentrándonos en las bases genéticas de estos caracteres. En conclusión, los resultados mostraron que la introgresión de regiones genómicas de S. pimpinellifolium en el genoma cultivado permitió mejorar diferentes características de calidad de los frutos y obtener nuevos recursos vegetales con alto potencial para programas de mejoramiento y estudios genéticos en tomate.Ítem Acceso Abierto Efecto del germoplasma silvestre sobre caracteres de interés agronómico en híbridos intra e interespecíficos del genéro Lycopersicon(UNR Editora, 2003) Pratta, Guillermo; Cánepa, L. N.; Zorzoli, Roxana; Picardi, Liliana AmeliaEl tomate cultivado ( Lycopersicon esculentum var. esculentum) es una Solanácea de gran importancia económica a nivel mundial tanto por su producción como por su consumo. Las formas silvestres más promisorias para aportar características transferibles son L. esculentum var. cerasiforme y L. pimpinellifolium debido a la facilidad con que se obtienen los cruzamientos. El objetivo de este trabajo fue evaluar caracteres morfovegetativos y de calidad comercial en híbridos intra e interespecíficos de Lycopersicon. Los caracteres morfovegetativos analizados fueron: longitud de entrenudos, perímetro del tallo en las partes basal, media y apical y número de flores por racimo. Los caracteres de calidad comercial fueron: peso, diámetro, altura, forma y vida en estantería de los frutos. Los genotipos se compararon por un ANOVA a un criterio de clasificación y por el test de Kruskal-Wallis. Se encontraron diferencias significativas entre los híbridos para todos los caracteres morfovegetativos y de calidad comercial. Los híbridos obtenidos a partir de las formas silvestres presentaron menor tamaño y peso de los frutos. La mayor vida en estantería fue observada en un híbrido entre un mutante de madurez de L.esculentum var. esculentum y la accesión LA722 de L. pimpinellifolium.Ítem Acceso Abierto Introgresión de regiones genómicas de la línea LA722 de Solanum pimpinellifolium en un genotipo "elite" de tomate para incrementar la calidad del fruto(FCA-UNR, 2011) Pereira da Costa, Javier; Zorzoli, Roxana; Rodríguez, Gustavo R.La especie de tomate Solanum pimpinellifolium es un material genético sub-explotado para introgresar genes de origen silvestre que pueden mejorar la calidad de los frutos en la especie cultivada (S. lycopersicum). El objetivo de este trabajo fue identificar regiones genómicas de la entrada LA722 de S. pimpinellifolium asociadas a la larga vida poscosecha y caracteres que confieren calidad a los frutos para introgresarlas en un genotipo „elite‟ de la especie cultivada. Se evaluaron 74 plantas BC1 (primera retrocruza entre el cultivar Caimanta de S. lycopersicum como padre recurrente y la entrada LA722 de S. pimpinellifolium), los progenitores y la F1 para once caracteres fenotípicos. Estos materiales se caracterizaron molecularmente por perfiles polipeptídicos de pericarpio de frutos al estado verde y rojo maduro y marcadores de ADN del tipo SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) y SSR (Single Sequence Repeat). Se encontraron polipéptidos asociados a caracteres como firmeza, altura, forma, pH y vida poscosecha de los frutos. Dos bandas de SRAP estuvieron asociados a porcentaje de reflectancia, firmeza, acidez titulable y contenido en sólidos solubles. Los SSR estudiados permitieron identificar asociaciones o QTL (Quantitative Trait Loci) a todos los caracteres de calidad con excepción de la vida poscosecha en la BC1. Para seguir el comportamiento de estos segmentos cromosómicos asociados a los caracteres de calidad se evaluaron los mismos SSR en 40 plantas BC2. Dado que las poblaciones de retrocruzas no son adecuadas para la detección de QTLs aportados por el progenitor donante con efectos recesivos, también se evaluaron cinco familias BC1S1. Se encontraron asociaciones a todos los caracteres de calidad entre los que se destacan QTLs para la vida poscosecha de los frutos no detectados en las generaciones de retrocruzas. Once QTLs fueron detectados en al menos una generación segregante con p < 0,001. Finalmente, la comparación entre las asociaciones encontradas en las tres generaciones permitió validar 12 QTLs (p < 0,05). Estos resultados demuestran que la introgresión de regiones genómicas asociadas a la vida poscosecha y a la calidad del fruto de S. pimpinellifolium puede mejorar a la especie cultivada.Ítem Acceso Abierto Localización precisa en el cromosoma 2 de QTL que controlan caracteres de fruto en tomate(FCA-UNR, 2016) Green, Gisela Yael; Rodríguez, Gustavo R.; Zorzoli, RoxanaCuatro QTL mayores se encuentran asociados a frutos alargados en el germoplasma del tomate cultivado (Solanum lycopersicum): ovate, sun, fs8.1 y fs2.1. El cultivar comercial Rio Grande de S. lycopersicum porta los alelos silvestres para los genes SUN y OVATE y el carácter índice de forma de fruto (fs I) es controlado en un 61,55% por los QTL fs2.1 y fs8.1 que presentan interacción epistática. El QTL fs2.1 (cromosoma 2) controla principalmente el extremo distal del fruto y otros caracteres de calidad como pH e índices L y ab de color. En base a estos antecedentes se plantea como hipótesis que la recombinación de marcadores moleculares en la base del cromosoma 2 permite estudiar la segregación mendeliana de caracteres de forma y calidad de fruto para localizar en forma más precisa a los QTL que los definen. El objetivo general de este trabajo es validar QTL que controlan caracteres de fruto en poblaciones segregantes avanzadas entre Rio Grande y LA1589. Además, localizar en forma precisa al QTL mayor fs2.1 asociado a frutos alargados en el cultivar Rio Grande e identificar el estadio de desarrollo del fruto en el que ejerce su efecto. Se plantean como objetivos específicos: 1) Evaluar a través de pruebas de progenie de padres recombinantes en la base del cromosoma 2 caracteres de morfología y calidad de fruto a fin de validar y localizar de forma precisa QTL de interés; 2) Evaluar en la descendencia de padres recombinantes el carácter fs I para minimizar la región que contiene a fs2.1; 3) Detectar el estadio de desarrollo del fruto en el que fs2.1 afecta la forma; 4) Proponer genes candidatos para fs2.1 haciendo uso de herramientas bioinformáticas. Como material vegetal se utilizaron familias derivadas por autofecundación de plantas recombinantes en la base del cromosoma 2 conteniendo a fs2.1. Estas plantas no segregaron para el QTL fs8.1 y derivan del cruzamiento entre Rio Grande (padre recurrente) y LA1589. Para llevar a cabo las pruebas de progenie, en cada familia generada se seleccionaron por marcadores moleculares plantas homocigotas para el alelo cultivado y otras homocigotas para el alelo silvestre en la región genómica segregante. Las plantas seleccionadas, incluyendo cinco plantas de Rio Grande y cinco de LA1589, se trasplantaron en invernadero a una distancia de 1 m entre hileras y 40 cm entre plantas. Para el objetivo específico 1 se realizó una prueba de progenie sobre la descendencia de 8 plantas 6 recombinantes y se midieron 10 atributos morfológicos y 3 de calidad sobre un total de 1370 frutos. Se aplicó la prueba t de Student para comparar los valores medios de grupos homocigotas por familia para todas las variables. Solo dos familias presentaron diferencias significativas (p<0,05) entre grupos homocigotas para fs I indicando que el QTL que rige el carácter se encuentra en el segmento segregante compartido por ambas. De esta manera se logró acotar la región conteniendo a fs2.1 de 9,64 Mb a 4,48 Mb. No se pudo determinar la posición de los QTL para los demás caracteres analizados debido a que presentaron asociaciones erráticas a través de las diferentes familias. Sin embargo, mediante mapeo por intervalos simple se logró detectar QTL menores de morfología y calidad de fruto previamente detectados en una generación F3-BC1-S1 derivada del mismo cruzamiento interespecífico. Para el objetivo 2, en virtud de los resultados del objetivo 1, se midió únicamente el carácter fs I en un total de 94 plantas (546 frutos) producto de la descendencia de 9 plantas recombinantes en la base del cromosoma 2. Como resultado, dos familias presentaron diferencias significativas (p<0,05) entre grupos homocigotas para fs I acotando la región que contiene a fs2.1 de 4,48 Mb a 0,71 Mb. El objetivo específico 3 consistió en el análisis de frutos en desarrollo en los días 0, 3 y 5 después de antesis. Fue realizado durante dos ensayos evaluándose un total de 102 y 293 flores en los ensayos 1 y 2 respectivamente. Nuevamente se utilizó la descendencia de plantas recombinantes en la región estudio. Como resultado de la comparación entre genotipos homocigotas mediante la prueba t de Student se observaron diferencias en el índice de forma de fruto en desarrollo desde el día cero de antesis. Para el objetivo 4 se hizo uso de la herramienta BLAST de la página SOL Genomics Network y se obtuvieron los genes contenidos en el segmento de 0,71 Mb correspondiente a fs2.1. También se obtuvieron los transcriptomas de LA1589 y seis NIL de Rio Grande. Tres NIL presentan alelos cultivados en la región centromérica del cromosoma 8 y otras tres alelos de LA1589. Utilizando un algoritmo en R se realizó el análisis de expresión diferencial entre todos los genotipos haciendo uso del paquete DE-seq. Se lograron identificar 10 genes diferencialmente expresados en flores en antesis entre los genotipos Rio Grande y LA1589. En base a estos resultados, se concluye que QTL menores de morfología y calidad de fruto se localizan en la base del cromosoma 2 (segmento de 9,64 Mb). Además, se demostró que el QTL mayor fs2.1 ejerce su efecto sobre el carácter fs I desde antes de antesis y se localiza en un segmento de 0,71 Mb en la base del cromosoma 2 que contiene genes diferencialmente expresados.Ítem Acceso Abierto Recursos Genéticos y Genómicos para Mejorar la Calidad del Fruto en Tomate(Secretaría de Extensión Universitaria, Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Rosario, 2013-04) Rodriguez, Gustavo; Pereira da Costa, Javier; Pratta, Guillermo; Zorzoli, Roxana; Picardi, Liliana A.Ítem Acceso Abierto Tomato second cycle hybrids as a source of genetic variability for fruit quality traits(Brazilian Association of Plant Breeding, 2016-10) Pereira da Costa, Javier Hernán; Rodríguez, Gustavo Rubén; Liberatti, David Raúl; Mahuad, Sabina Lara; Marchionni Basté, Ezequiel; Picardi, Liliana Amelia; Zorzoli, Roxana; Pratta, Guillermo RaúlÍtem Acceso Abierto Whole genome re-sequencing analysis of two tomato genotypes for polymorphism insight in cloned genes and a genetic map construction(Elsevier, 2019) Cambiaso, Vladimir; Pratta, Guillermo Raúl; Pereira da Costa, Javier Hernán; Zorzoli, Roxana; Francis, David Merrel; Rodríguez, Gustavo Rubén