Examinando por Autor "Margarit, Ezequiel"

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    Beyond the binding site: In vivo Identification of tbx2, smarca5 and wnt5b as molecular targets of CNBP during embryonic development
    (Public Library of Science, 2013-05-07) Armas, Pablo; Margarit, Ezequiel; Mouguelar, Valeria Soraya; Allende, Miguel L.; Calcaterra, Nora B.
    CNBP is a nucleic acid chaperone implicated in vertebrate craniofacial development, as well as in myotonic dystrophy type 2 (DM2) and sporadic inclusion body myositis (sIBM) human muscle diseases. CNBP is highly conserved among vertebrates and has been implicated in transcriptional regulation; however, its DNA binding sites and molecular targets remain elusive. The main goal of this work was to identify CNBP DNA binding sites that might reveal target genes involved in vertebrate embryonic development. To accomplish this, we used a recently described yeast one-hybrid assay to identify DNA sequences bound in vivo by CNBP. Bioinformatic analyses revealed that these sequences are G-enriched and show high frequency of putative G-quadruplex DNA secondary structure. Moreover, an in silico approach enabled us to establish the CNBP DNA-binding site and to predict CNBP putative targets based on gene ontology terms and synexpression with CNBP. The direct interaction between CNBP and candidate genes was proved by EMSA and ChIP assays. Besides, the role of CNBP upon the identified genes was validated in loss-of-function experiments in developing zebrafish. We successfully confirmed that CNBP up-regulates tbx2b and smarca5, and down-regulates wnt5b gene expression. The highly stringent strategy used in this work allowed us to identify new CNBP target genes functionally important in different contexts of vertebrate embryonic development. Furthermore, it represents a novel approach toward understanding the biological function and regulatory networks involving CNBP in the biology of vertebrates.
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    Bioquímica de frutos cítricos y arándanos. Estudio del rol del metabolismo relacionado con el mantenimiento de la calidad durante el período de poscosecha
    (2023) Morales, Luisina Lourdes; Tripodi, Karina E. J.; Margarit, Ezequiel
    La FAO (Food and Agriculture Organization) define “poscosecha” como el momento en el que el producto comestible es separado de la planta por el hombre con la intención de prepararlo para ser utilizado en el consumo, y finaliza cuando este alimento entra en posesión del consumidor final. Es justamente en este período en donde los frutos frescos son susceptibles de ser atacados por patógenos saprófitos o parásitos, debido a su alto contenido en agua y nutrientes, y porque han perdido la mayor parte de la resistencia intrínseca que los protege durante su desarrollo en el árbol. Además durante esta etapa comienza un proceso de decaimiento de la calidad de la fruta producto de posibles daños físicos, la deshidratación y la maduración que estará influenciada por la bioquímica, que determina su composición, firmeza y aspecto. Las pérdidas económicas ocasionadas por los problemas durante la poscosecha representan actualmente uno de los principales inconvenientes de la frutihorticultura mundial. El desarrollo de tecnologías más adecuadas para mitigar todos estos efectos y conservar el mantenimiento de la calidad de las frutas, es motivo de numerosas investigaciones. La presente tesis se basó en el estudio de la bioquímica y la fisiología de frutos cítricos (mandarina y naranja) y de una baya (arándano) en respuesta a diferentes tratamientos en la cosecha y la poscosecha. En el caso de los cítricos, se analizó un tratamiento térmico con agua caliente en dos variedades de gran interés comercial: Murcott y W-Murcott. Este tratamiento constituye una alternativa a los métodos físicos utilizados en el control de podredumbres, cuyas consecuencias en la calidad de estos frutos no ha sido explorada en profundidad. Por lo tanto, una de las metas fue analizar la incidencia de dicho tratamiento en la calidad de los frutos y sus cambios bioquímicos, evaluando la pertinencia de su aplicación. En estas mismas variedades de mandarinas y en naranjas Lane Late, se estudiaron las consecuencias de un tratamiento cuarentenario. Este tratamiento es un requisito de exportación para ciertos destinos, dada la necesidad de combatir a la mosca de la fruta. En el caso de las mandarinas, se realizó un análisis de parámetros de calidad y metabolómico, mientras que para las naranjas, además de la calidad físico-química, se estudió la calidad organoléptica percibida por consumidores. Finalmente, se investigaron las repercusiones de la utilización de mallas antigranizo en la calidad, la bioquímica y la actividad de enzimas del metabolismo de la pared celular, en arándanos de dos variedades comerciales: Snowchaser y Emerald.
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    Calidad y seguridad de los alimentos derivados de cultivos genéticamente modificados : el caso del maís Bt
    (UNR Editora, 2005) Margarit, Ezequiel; Permingeat, Hugo
    El consumo de alimentos derivados de organismos genéticamente modificados es resistido desde algunos sectores de la sociedad debido, entre otros factores, a temores que éstos generen riesgos en la salud de la población. Diferentes enfoques para enriquecer el análisis, tales como la presencia, consumo y seguridad del ADN transgénico de los alimentos, la estabilidad, seguridad y consumo de las proteínas codificadas por los transgenes, y el origen de las demandas de detección de OVGMs en los alimentos son profundamente discutidos en el presente artículo de revisión.
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    G-quadruplexes as novel cis-elements controlling transcription during embryonic development
    (Oxford University Press, 2016-01-14) David, Aldana P.; Margarit, Ezequiel; Domizi, Pablo; Banchio, Claudia; Armas, Pablo; Calcaterra, Nora B.
    G-quadruplexes are dynamic structures folded in G-rich single-stranded DNA regions. These structures have been recognized as a potential nucleic acid based mechanism for regulating multiple cellular processes such as replication, transcription and genomic maintenance. So far, their transcriptional role in vivo during vertebrate embryonic development has not yet been addressed. Here, we performed an in silico search to find conserved putative G-quadruplex sequences (PQSs) within proximal promoter regions of human, mouse and zebrafish developmental genes. Among the PQSs able to fold in vitro as G-quadruplex, those present in nog3, col2a1 and fzd5 promoters were selected for further studies. In cellulo studies revealed that the selected G-quadruplexes affected the transcription of luciferase controlled by the SV40 nonrelated promoter. G-quadruplex disruption in vivo by microinjection in zebrafish embryos of either small ligands or DNA oligonucleotides complementary to the selected PQSs resulted in lower transcription of the targeted genes. Moreover, zebrafish embryos and larvae phenotypes caused by the presence of complementary oligonucleotides fully resembled those ones reported for nog3, col2a1 and fzd5 morphants. To our knowledge, this is the first work revealing in vivo the role of conserved G-quadruplexes in the embryonic development, one of the most regulated processes of the vertebrates biology.
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    Genetic variations in G-quadruplex forming sequences affect the transcription of human disease-related genes
    (Oxford University Press, 2023-11-01) Lorenzatti, Agustín; Piga, Ernesto José; Gismondi, Mauro; Binolfi, Andrés; Margarit, Ezequiel; Calcaterra, Nora B.; Armas, Pablo
    Guanine-rich DNA strands can fold into non-canonical four-stranded secondary structures named G-quadruplexes (G4s). G4s folded in proximal promoter regions (PPR) are associated either with positive or negative transcriptional regulation. Given that single nucleotide variants (SNVs) affecting G4 folding (G4-Vars) may alter gene transcription, and that SNVs are associated with the human diseases’ onset, we undertook a novel comprehensive study of the G4-Vars genome-wide (G4-variome) to find disease-associated G4-Vars located into PPRs. We developed a bioinformatics strategy to find disease-related SNVs located into PPRs simultaneously overlapping with putative G4-forming sequences (PQSs). We studied five G4-Vars disturbing in vitro the folding and stability of the G4s located into PPRs, which had been formerly associated with sporadic Alzheimer’s disease (GRIN2B), a severe familiar coagulopathy (F7), atopic dermatitis (CSF2), myocardial infarction (SIRT1) and deafness (LHFPL5). Results obtained in cultured cells for these five G4-Vars suggest that the changes in the G4s affect the transcription, potentially contributing to the development of the mentioned diseases. Collectively, data reinforce the general idea that G4-Vars may impact on the different susceptibilities to human genetic diseases’ onset, and could be novel targets for diagnosis and drug design in precision medicine.
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    Impacto ambiental de los cultivos genéticamente modificados : el caso del maíz Bt
    (UNR Editora, 2005) Permingeat, Hugo; Margarit, Ezequiel
    Los cultivos Bt han sido adoptados extensivamente por los productores agropecuarios de los países que los autorizaron para la comercialización. Sin embargo, a pesar que la adopción de los cultivos genéticamente modificados aumentó considerablemente en los últimos años, la percepción pública no acompañó ese crecimiento de la misma manera. Un profundo debate sobre los riesgos ambientales y de salud de los OVGMs comenzó hace unos años y aún continúa entre distintos sectores de la sociedad. En la presente revisión se discuten las evidencias científicas relacionadas con la inocuidad de los cultivos Bt presentes en el mercado.