Examinando por Autor "Giri, Adriana Angélica"
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Ítem Acceso Abierto A preliminary study of the virome of the South American Free-Tailed Bats (Tadarida brasiliensis) and identification of two novel mammalian viruses(MDPI, 2020-04-09) Bolatti, Elisa María; Zorec, Tomaž M.; Montani, María E.; Hošnjak, Lea; Chouhy, Diego; Viarengo, Gastón; Casal, Pablo E.; Barquez, Rubén M.; Poljak, Mario; Giri, Adriana Angélica; Irene Villa, German Saigo, Mauricio Taborda, and Violeta Di Domenica, for collecting bat samplesÍtem Acceso Abierto Analysis of the genetic diversity and phylogenetic relationships of putative human papillomavirus types(2013-11) Chouhy, Diego; Bolatti, Elisa María; Perez, Germán Roberto; Giri, Adriana AngélicaÍtem Acceso Abierto Assessing Gammapapillomavirus infections of mucosal epithelia with two broad-spectrum PCR protocols(BMC, 2020-04-07) Bolatti, Elisa María; Hošnjak, Lea; Chouhy, Diego; Casal, Pablo E.; Re Louhau, María F.; Bottai, Hebe; Komloš , Kristina Fujs; Poljak, Mario; Giri, Adriana Angélica; https://orcid.org/0000-0003-4925-9075Background: Human papillomaviruses (HPVs) have been divided into mucosal and cutaneous types according to their primary epithelial tissue tropism. However, recent studies showed the presence of several cutaneous types in mucosal lesions and healthy mucosa from different anatomical sites. Methods: Here, the HPV prevalence and type-specific distribution were assessed in a variety of mucosal samples from 435 individuals using a combination of two established broad-spectrum primer systems: Gamma-PV PCR and CUT PCR. Results: Overall HPV prevalence in anal canal swabs, cervical cancer biopsies, genital warts and oral swabs was 85, 47, 62 and 4%, respectively. In anal canal swabs, Alpha-PVs were most frequently found (59%), followed by Gamma-(37%) and Beta-PVs (4%). The prevalence and persistence of HPV infection in the anal canal of 226 individuals were further explored. Overall HPV, Gamma-PVs and multiple HPV infections were significantly higher in men vs. women (p = 0.034, p = 0.027 and p = 0.003, respectively); multiple HPV infections were more common in individuals ≤40 years (p = 0.05), and significantly higher prevalence of Gamma-PVs and multiple HPV infections was observed in HIV-1-positive vs. HIV-1-negative individuals (p = 0.003 and p = 0.04, respectively). Out of 21 patients with follow-up anal swabs, only one persistent infection with the same type (HPV58) was detected. Conclusions: Our findings suggest that Gamma-PVs (except species Gamma-6) are ubiquitous viruses with dual muco-cutaneous tissue tropism. Anal canal Gamma-PV infections may be associated with sexual behavior and the host immune status. This study expands the knowledge on Gamma-PVs’ tissue tropism, providing valuable data on the characteristics of HPV infection in the anal canal.Ítem Acceso Abierto Desarrollo de un ensayo para el tamizaje molecular en bancos de sangre de las cepas circulantes del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 en Argentina(Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas., 2014-07-01) Perez, Germán Roberto; Giri, Adriana AngélicaEl Virus de la Inmunodeficiencia Humana 1 (HIV-1) es el agente causal del Síndrome de la Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA). El genoma de ARN del HIV-1 presenta variaciones genéticas significativas como resultado de mutaciones constantes, recombinaciones entre cadenas de ARN y presión evolutiva. La variación de las secuencias del virus distribuidas en la naturaleza permitió su clasificación en grupos (M, N y O), subtipos (A, B, C, D, F, G, H, J y K) y variantes recombinantes. Al demostrarse que algunas cepas recombinantes con patrones idénticos de mosaicismo se han establecido y diseminado en ciertas poblaciones, se determinó clasificarlas separadamente como Formas Recombinantes Circulantes (CRF). En Sudamérica, los subtipos B y F y las recombinantes BF son los predominantes. En Argentina circulan principalmente un 30% de subtipo B y un 65% de recombinantes BF con un predominio de la CRF12_BF. La transmisión de infecciones por el HIV-1 en período de ventana serológico (PVS) es una complicación transfusional de gran importancia. La Tecnología de Amplificación de Ácidos Nucleicos (NAT) permite la detección del agente viral en ausencia de anticuerpos y su implementación en países desarrollados redujo el riesgo de transmisión de la infección por vía transfusional. En países en desarrollo, los costos de los ensayos comerciales de origen importado y la ausencia de desarrollos biotecnológicos regionales impidieron su aplicación. En nuestro país la mayoría de los donantes son de reposición, o sea que están presionados a efectuar la donación, y generalmente son de primera vez, por lo que la prevalencia de marcadores para enfermedades transmitidas por vía transfusional es mayor que en los países desarrollados, en los cuales la mayoría de los donantes son voluntarios y de repetición. Está demostrado que la prevalencia de infecciones transmisibles es mayor en donantes de primera vez que en los de repetición. La mayoría de los laboratorios que realizan el diagnóstico molecular de la infección del HIV-1 en Argentina utilizan ensayos o reactivos que han sido optimizados utilizando el subtipo B como cepa de referencia. Teniendo en cuenta el aumento de la diversidad del HIV-1 observada en los últimos años, en este trabajo de tesis se desarrolló una herramienta diagnóstica que permita la detección de los subtipos y formas recombinantes del HIV-1 circulantes en Argentina. Debido a que las reacciones de amplificación de ácidos nucleicos (PCR y RT-PCR) son un proceso enzimático con sensibilidad extrema, la calidad del ensayo molecular, en particular con fines diagnósticos, debe ser evaluada continuamente. Para asegurar la calidad del resultado, es necesario incluir en cada reacción de amplificación controles adecuados, siendo de gran importancia la utilización de un Control Interno (CI) a fin de poder verificar la eficiencia en el procesamiento de la muestra y su idoneidad para la amplificación y detección. La producción de un CI para ensayos que amplifiquen virus con genoma de ARN, como el HIV-1, ha sido particularmente difícil debido a la labilidad intrínseca de esta molécula. Un CI apropiado para ensayos moleculares con finesdiagnósticos debe ser homogéneo, estable, seguro para el personal de laboratorio que lo manipula y capaz de verificar tanto la eficiencia en el procesamiento de la muestra como en los procesos de amplificación y detección. En base a estas consideraciones, en este trabajo de tesis se optimizó una RT-PCR para la amplificación de un fragmento de la región gag de los distintos subtipos e inter-subtipos del HIV-1, hibridación líquida de los amplicones resultantes con sondas para cada región génica y detección en microplaca (RTPCR/ SUD). Este ensayo incorpora un CI competitivo (CICSUD) que consiste en un fago Q recombinante en el cual se han reemplazado secuencias fágicas por las del par de cebadores usados para la detección del ARN del HIV-1. El CICSUD es añadido a la muestra de plasma, procesado conjuntamente con el ARN viral y amplificado con el mismo par de cebadores que el HIV-1 por RT-PCR. Los amplicones resultantes son discriminados mediante hibridación líquida con sondas específicas para cada target y detección colorimétrica en formato de enzimoinmunoanálisis. El CICSUD demostró ser estable al menos por 24 meses a 4°C. El sistema RT-PCR/SUD/CICSUD puede detectar todos los subtipos del HIV-1 y factible de ser validado como sistema NAT para la detección sensible y específica de las cepas del HIV-1 circulantes en Argentina en los individuos que se encuentren en PVS. La complejidad de la infección por el HIV-1 requiere de esfuerzos continuos que permitan conocer las cepas virales circulantes y su dinámica, de modo de asegurar una eficiente vigilancia genómica en cada región geográfica. Debido a esto, en este trabajo de tesis se presenta una nueva estrategia para identificar subtipos y cepas recombinantes a través de la temperatura de fusión (Tm) obtenida mediante qPCR y análisis de curvas de disociación. La nueva estrategia fue validada con una prueba de referencia basada en filogenia y podría ser de utilidad para monitorear la evolución de la infección por HIV-1 en nuestra región. Por medio de la selección de regiones genómicas con diferencias en las secuencias nucleotídicas (longitud o contenido GC) entre los subtipos B y F del HIV-1, se pudieron discriminar estos subtipos en dos regiones virales (gag y vif) a través de las Tm obtenidas. Su aplicación en muestras clínicas derivadas de individuos infectados de la región permitió identificar una cepa como intersubtipo F1 en la región gag y como subtipo B en la vif, patrón que no corresponde a ninguna de las CRFs descriptas y que podría ser una posible recombinante con origen evolutivo en cepas circulantes en San Pablo (Brasil). La aplicación de estas herramientas permitirá evaluar la introducción del tamizaje molecular de donantes en el ámbito público de la provincia de Santa Fe y facilitar de manera fehaciente la identificación de las cepas circulantes en nuestra región para posicionarse de manera más efectiva en el control epidemiológico de las infecciones causadas por el HIV-1.Ítem Acceso Abierto Genome announcement : complete genome sequence of a novel Mupapillomavirus, HPV204(Association of Slovenian Dermatovenerologists, 2015) Chouhy, Diego; Bolatti, Elisa María; Giri, Adriana Angélica; Poljak, Mario; Kocjan, Boštjan J.; Šterbenc, Anja; Hošnjak, LeaÍtem Acceso Abierto Identificación de papilomavirus humanos en lesiones cutáneas benignas y malignas no melanoma por métodos moleculares.(Medigraphic Literatura Biomédica, 2013) Piccirilli, Gustavo; Squeff, Mario; Quattrocchi, Cristian; Fernández Bussy, Ramón Alfredo; Chouhy, Diego; Gorosito, Mario; Sanchez, Adriana; Bergero, Adriana; Giri, Adriana Angélica; Fernández Bussy, Ramón AlfredoÍtem Acceso Abierto Identificación y caracterización molecular de papillomavirus humanos con diferente tropismo(Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas., 2016-03-30) Bolatti, Elisa María; Giri, Adriana Angélica; Chouhy, DiegoLos papilomavirus (PV) son virus epiteliotrópicos con genoma de ADN doble hebra circular, sin envoltura y muy heterogéneos. Al momento se han descripto más de 200 tipos en humanos (HPV): 25% asociados a infecciones de mucosas y 75% a infecciones de piel. Los HPV se distribuyen en 5 géneros en base a la identidad nucleotídica del gen L1. Los HPV mucosotrópicos se agrupan principalmente en el género Alfa PV y son causantes de patologías benignas y malignas de la mucosa anogenital y orofaríngea. En contraste, los HPV cutaneotrópicos se distribuyen en los géneros Alfa, Beta, Gama, Mu y Nu PV y la evidencia científica es inconcluyente sobre su rol en la carcinogénesis cutánea. Dada la gran diversidad genética de estos virus y las distintas interacciones que establecen con el hospedero, es necesario caracterizar la complejidad de la infección por HPV en distintos epitelios para adoptar las medidas de prevención y tratamiento de las enfermedades producidas por estos virus. El objetivo general de este trabajo de tesis incluyó avanzar en el conocimiento de la familia Papillomaviridae mediante la identificación y caracterización de la infección por HPV en epitelios cutáneos y mucosos en nuestra región para contribuir a la taxonomía y a la vigilancia epidemiológica a nivel molecular. Para ello se abordaron los siguientes objetivos específicos: 1) Se realizó un estudio longitudinal y descriptivo para identificar los tipos de HPV mucososotrópicos que circulan en cérvix en una población de mujeres no vacunadas con diagnóstico de patología cervical que concurrieron al Hospital Escuela “Eva Perón” de la ciudad de Baigorria, provincia de Santa Fe (n=115). Las muestras se analizaron utilizando dos sistemas de amplificación de HPV en forma conjunta, ambos desarrollados en el laboratorio: el L1HPVPCR 16.4.1, que utiliza los cebadores de referencia MY09/11 y ha sido definido competente para la identificación de 15 tipos mucosos según los criterios de la WHO HPV LabNet, y el sistema de cebadores CUT, con probada capacidad para amplificar tipos de HPV que infectan epitelios mucosos y cutáneos. La prevalencia de infección en esta población fue del 85% y los tipos más frecuentes fueron HPV16 (25%) y HPV31 (13%). Sucesivamente realizó un estudio de persistencia de la infección por HPV en 68 mujeres de esta población durante un periodo promedio de 24 meses. De las 45 mujeres que recibieron tratamiento expectante (observación de la evolución de la lesión semestralmente), 29% erradicó la infección, 29% se infectó con tipos diferentes al de la muestra de ingreso, 38% tuvo infección viral persistente y 4% fue HPV-negativa durante el estudio. Entre las 23 que recibieron tratamiento quirúrgico, el 48% erradicó la infección, 35% se infectó con tipos diferentes y 17% tuvo infección viral persistente. Los tipos persistentes más frecuentes en ambos grupos fueron HPV16 y HPV31. En cuanto a la evolución clínica, la mayoría de las mujeres evolucionaron favorablemente al final de estudio (100% contratamiento quirúrgico, 62% con tratamiento expectante). Estos resultados aportan nueva información sobre la prevalencia y persistencia de HPV en mujeres no vacunadas con diagnóstico de patología cervical del sur de la provincia de Santa Fe y sienta las bases para evaluar a futuro el impacto de la vacunación masiva contra HPV. 2) Teniendo en cuenta que la radiación solar se ha relacionado con la infección por HPV y que Argentina se encuentra en una región de alto riesgo de exposición a UV por el paso del agujero de ozono entre Septiembre y Noviembre, se realizó un estudio longitudinal y descriptivo para analizar la epidemiología de la infección por HPV en piel sana expuesta a radiación solar de 78 individuos inmunocompetentes en 3 estaciones climáticas durante 1 año. Las muestras se analizaron con dos sistemas de amplificación de HPV en forma conjunta: el sistema CUT y el ensayo FAP considerado de referencia para el análisis de HPV en piel. La prevalencia de infección en primavera fue mayor que en verano e invierno (53.9% vs 44.9% y 47.4% respectivamente), coincidiendo con el paso del agujero de ozono. El 29% de los voluntarios tuvieron infecciones persistentes con al menos un tipo de HPV, siendo los miembros del género Beta PV los tipos más persistentes, específicamente el HPV5 (Beta 1). La mayor edad de los voluntarios se asoció significativamente con mayor persistencia de la infección por HPV (p=0,019). Estos resultados sugieren que la radiación solar influye en la adquisición de la infección por HPV en piel y que estos virus persisten en los individuos por un periodo de al menos 1 año sin inducir daños en el tejido. 3) A fin de proveer nuevos virus desde la región, se caracterizaron los genomas completos de 3 tipos nuevos identificados en piel sana expuesta a radiación solar utilizando una estrategia altamente sensible para la amplificación de genomas circulares desarrollada en el laboratorio. Los nuevos tipos caracterizados son HPV 205 (Gama 1), HPV210 (Gama 12) HPV209 (Beta 2). Sucesivamente exploramos la recombinación como posible fuerza evolutiva en el género Gama PV utilizando una base de datos actualizada y el programa RDP4.1. Se identificaron 2 eventos putativos de recombinación, ambos ubicados en el ORF E1, que cumplieron con el criterio de inclusión: un evento intra-especie entre miembros de la especie Gama 7 (recombinante: HPV170, parental mayor: HPV109, parental menor: HPV149) y un evento inter-especie que se detectó en todos los tipos agrupados en la especie Gama 8 (parental mayor: Gama 24, parental menor: especie Gama 11). Estos hallazgos se confirmaron por análisis de incongruencia filogenética. Estos aportes contribuyen a completar la taxonomía y proveen nuevas evidencias para comprender mejor la historia evolutiva del género Gama PV. En conclusión, los resultados obtenidos en conjunto contribuyen a expandir el conocimiento sobre la familia Papillomaviridae, información esencial para dilucidar el rol que cumplen las infecciones por estos virus en distintos epitelios.Ítem Acceso Abierto Identification and characterization of novel alphacoronaviruses in Tadarida brasiliensis (Chiroptera, Molossidae) from Argentina: insights into recombination as a mechanism favoring bat coronavirus cross-species transmission(ASM, 2023-09-11) Cerri, Agustina; Bolatti, Elisa María; Zorec, Tomaz M.; Montani, Maria E.; Rimondi, Agustina; Hosnjak, Lea; Casal, Pablo E.; Di Domenica, Violeta; Barquez, Rubén M.; Poljak, Mario; Giri, Adriana Angélica; https://orcid.org/0000-0003-4925-9075; https://orcid.org/0000-0001-6467-0650Bats are reservoirs of various coronaviruses that can jump between bat species or other mammalian hosts, including humans. This article explores coronavirus infection in three bat species (Tadarida brasiliensis, Eumops bonariensis, and Molossus molossus) of the family Molossidae from Argentina using whole viral metagenome analysis. Fecal samples of 47 bats from three semiurban or highly urbanized areas of the province of Santa Fe were investigated. After viral particle enrichment, total RNA was sequenced using the Illumina NextSeq 550 instrument; the reads were assembled into contigs and taxonomically and phylogenetically analyzed. Three novel complete Alphacoronavirus (AlphaCoV) genomes (Tb1–3) and two partial sequences were identified in T. brasiliensis (Tb4–5), and an additional four partial sequences were identified in M. molossus (Mm1–4). Phylogenomic analysis showed that the novel AlphaCoV clustered in two different lineages distinct from the 15 officially recognized AlphaCoV subgenera. Tb2 and Tb3 isolates appeared to be variants of the same virus, probably involved in a persistent infectious cycle within the T. brasiliensis colony. Using recombination analysis, we detected a statistically significant event in Spike gene, which was reinforced by phylogenetic tree incongruence analysis, involving novel Tb1 and AlphaCoVs identified in Eptesicus fuscus (family Vespertilionidae) from the U.S. The putative recombinant region is in the S1 subdomain of the Spike gene, encompassing the potential receptor-binding domain of AlphaCoVs. This study reports the firstfirstAlphaCoV genomes in molossids from the Americas and provides new insights into recombination as an important mode of evolution of coronaviruses involved in cross-species transmission.Ítem Acceso Abierto Molecular characterization, tissue tropism, and genetic variability of the novel Mupapillomavirus type HPV204 and phylogenetically related types HPV1 and HPV63.(PLOS, 2017) Chouhy, Diego; Bolatti, Elisa María; Seme, Katja; Poljak, Mario; Giri, Adriana Angélica; Šterbenc, Anja; Hošnjak, Lea; Oštrbenk, Anja; Kocjan, Boštjan J.; Luzar, BoštjanÍtem Acceso Abierto Omicron waves in Argentina: dynamics of SARS-CoV-2 lineages BA.1, BA.2 and the emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5(MDPI, 2023-01-22) Torres, Carolina; Nabaes Jodar, Mercedes; Acuña, Dolores; Zambrana Montaño, Romina Micaela; Culasso, Andrés Carlos Alberto; Amadio, Ariel Fernando; Aulicino, Paula; Ceballos, Santiago; Cacciabue, Marco; Debat, Humberto; Dus Santos, María José; Eberhardt, María Florencia; Espul, Carlos; Fay, Fabián; Fernández, María Ailén; Fernández, Franco; Fernandez Muñoz, Juan Manuel; Ferrini, Florencia; Gallego, Fernando; Giri, Adriana Angélica; Cerri, Agustina; Bolatti, Elisa María; Gismondi, María Ines; Goya, Stephanie; Gramundi, Iván; Irazoqui, José Matías; König, Guido Alberto; Leiva, Viviana; Lucero, Horacio; Marquez, Nathalie; Nardi, Cristina; Ortiz, Belén; Pianciola, Luis; Pintos, Carolina Beatriz; Puebla, Andrea Fabiana; Rastellini, Carolina Victoria; Rojas, Alejandro Ezequiel; Sfalcin, Javier; Suárez, Ariel; Tittarelli, Estefanía; Toro, Rosana; Villanova, Gabriela Vanina; Ziehm, María Cecilia; Zimmermann, María Carla; Zunino, Sebastián; Proyecto PAIS Working Group; Valinotto, Laura; Viegas, MarianaÍtem Acceso Abierto Prevalence of human papillomavirus infection in Argentinean women attending two different hospitals prior to the implementation of the National vaccination program.(Wiley, 2013-04) Chouhy, Diego; Mamprín D´Andrea, Rubén; Iglesias, Mercedes; Messina, Analía; Ivancovich, Juan José; Cerda, Belén; Galimberti, Diana; Bottai, Hebe; Giri, Adriana AngélicaÍtem Acceso Abierto The lambda variant in Argentina: analyzing the evolution and spread of SARS-CoV-2 lineage C.37(MDPI, 2023-06-16) Nabaes Jodar, Mercedes; Torres, Carolina; Mojsiejczuk, Laura; Acuña, Dolores; Valinotto, Laura; Goya, Stephanie; Natale, Monica; Alexay, Sofia; Amadio, Ariel Fernando; Irazoqui, José Matías; Fernández, Franco; Acevedo, Maria Elina; Alvarez Lopez, Cristina; Angelletti, Andres; Aulicino, Paula; Bolatti, Elisa María; Brusés, Bettina; Cacciabue, Marco; Cavatorta, Ana Laura; Cerri, Agustina; Cordero, Andres; Debat, Humberto; Dus Santos, María José; Eberhardt, María Florencia; Ercole, Regina; Espul, Carlos; Farber, Marisa; Fay, Fabián; Fernández, María Ailén; Ferrini, Florencia; Formichelli, Laura; Ceballos, Santiago; Gallego, Fernando; Giri, Adriana Angélica; Gismondi, María Ines; Acevedo, Raul Maximiliano; Gramundi, Iván; Ibañez, María Eugenia; König, Guido Alberto; Leiva, Viviana; Lorenzini Campos, Melina; Lucero, Horacio; Marquez, Nathalie; Mazzeo, Melina; Mistchenko, Alicia Susana; Montoto, Luciana; Muñoz, Marianne; Nadalich, Victoria; Nardi, Cristina; Ortiz, Belén; Pianciola, Luis; Pintos, Carolina Beatriz; Puebla, Andrea Fabiana; Rastellini, Carolina Victoria; Rojas, Alejandro Ezequiel; Sfalcin, Javier; Suárez, Ariel; Theaux, Clara; Thomas, Guillermo; Tittarelli, Estefanía; Toro, Rosana; Villanova, Gabriela Vanina; Wenk, Gretel; Ziehm, María Cecilia; Zimmermann, María Carla; Zimmermann, María Carla; Proyecto PAIS Working Group; Viegas, MarianaÍtem Acceso Abierto Viral Metagenomic Data Analyses of Five New World Bat Species from Argentina: Identification of 35 Novel DNA Viruses(MDPI, 2022-01-24) Bolatti, Elisa María; Viarengo, Gastón; Zorec, Tomaž M; Cerri, Agustina; Montani, María E.; Hošnjak, Lea; Casal, Pablo E.; Bortolotto, Eugenia; Di Domenica, Violeta; Chouhy, Diego; Allasia, María Belén; Barquez, Rubén M.; Poljak, Mario; Giri, Adriana Angélica