Examinando por Autor "Daurelio, Lucas"

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    Identificación de patrones de expresión génica en plantas rutáceas bajo estrés biótico mediante análisis de conglomerados.
    (2015-11-18) Papa, Lucía; Quaglino, Marta Beatriz; Dianda, Daniela Fernanda; Orellano, Elena; Daurelio, Lucas; Secretaría de Ciencia y Tecnología. Facultad de Ciencias Económicas y Estadística. Universidad Nacional de Rosario
    El objetivo de este trabajo es analizar la expresión génica obtenida de diferentes interacciones entre plantas y patógenos utilizando la tecnología de los microarreglos. En un primer paso se normalizaron los datos, con el fin de identificar y remover fuentes de variación sistemáticas. Una vez normalizados los datos, se realizaron comparaciones de interés entre las interacciones planta-patógeno analizadas, con el objetivo de identificar aquellos genes que se expresaron de manera diferencial. Para esto fue utilizado el ajuste de modelos lineales para la creación de contrastes evaluados a través de la prueba “t” y el método “fold change”, específico para este tipo de datos. Los resultados de las diferentes comparaciones se unificaron en una gran base de datos. De dicha base fueron detectados aquellos genes diferencialmente expresados en al menos un tratamiento. En un paso posterior, con el grupo de genes diferencialmente expresados se realizó un análisis de conglomerados a fin de identificar patrones de comportamiento o co-expresión de los genes. Tanto el análisis como la construcción de los algoritmos para el armado y manipulación de las bases de datos se llevó a cabo utilizando el software estadístico R.
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    Secuenciación genómica y caracterización de una cepa nativa de Photorhabdus sp. P32.
    (Facultad de Ciencias Agrarias. Universidad Nacional de Rosario, 2025) Zimmermann, Jorge A.; Palma Dovis, Leopoldo; Daurelio, Lucas
    Los nematodos del género Heterorhabditis son parásitos de insectos y han demostrado poseer potencial para ser utilizados como agentes de control biológico. Estos nematodos penetran a través de las aberturas naturales de los insectos o su cutícula y una vez en el interior, liberan bacterias simbióticas entomopatógenas en el hemocele. El género Heterorhabditis está asociado con enterobacterias del género Photorhabdus. Estas bacterias liberan toxinas insecticidas que producen la muerte de los insectos. Además, pueden sintetizar otros metabolitos secundarios con potencial biotecnológico y farmacéutico, destinadas a inhibir la proliferación de otros microorganismos competidores y oportunistas. El objetivo de este trabajo fue secuenciar el genoma de la cepa P32 de Photorhabdus sp., aislada de larvas de Galleria mellonella infestadas con Heterorhabditis amazonensis y realizar una caracterización de la misma mediante la utilización de diferentes herramientas bioinformáticas. La bacteria fue aislada a partir de muestras de suelo obtenidas en Calilegua, provincia de Jujuy, Argentina. El tamaño del borrador del genoma de Photorhabdus P32 fue de 5.36 Megabases con un contenido G+C de 42,5%. Se identificaron 4614 CDSs, de los cuales 141 corresponden a funciones desconocidas. El análisis de identidad promedio de nucleótidos (orthoANI) mostró un 96,94 % de similitud entre Photorhabdus P32 y Photorhabdus aballayi, confirmando que esta cepa pertenece a dicha especie. A través de este estudio, pudimos caracterizar el genoma de Photorhabdus P32, en el que identificamos proteínas con potencial actividad insecticida, quitinasas y regiones de clusters de genes de metabolitos secundarios con actividad citotóxica y de sideróforo. Finalmente, el análisis filogenético identificó a Photorhabdus P32 como una cepa perteneciente a la especie P. aballayi.