Examinando por Autor "Felitti, Silvina"

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    Hongos endófitos presentes en especies forrajeras de la Región pampeana, evaluación de su potencial como agentes antagónicos y productores de metabolitos bioactivos
    (2015) García Lemos, Adriana; Felitti, Silvina; Gómez, Elena
    El objetivo de este proyecto fue: i) estudiar la presencia de hongos endófitos en plantas forrajeras de Paspalum dilatatum, P. notatum, Bromus catharticus, B. biebersteinii, Festuca arundinacea y Lolium multiflorum, todas especies de gramíneas características de la Región Pampeana, ii) evaluar el potencial antagónico de distintas cepas endófitas aisladas frente a hongos patógenos, iii) extraer y analizar los metabolitos secundarios producidos por cepas endófitas y evaluar su posible efecto inhibitorio contra patógenos fúngicos. Se tomaron muestras de las especies vegetales en las localidades de Zavalla y Funes, del sur de la provincia de Santa Fe. Los principales taxa de hongos aislados pertenecen a los géneros Acremonium, Alternaria, Aspergillus, Curvularia, Fusarium, Penicillium y Sthemphyllium. La localidad de Funes presentó la mayor cantidad de cepas fúngicas aisladas. La especie B. catharticus presentó el mayor porcentaje de infección, seguida por la especie P. dilatatum, mientras que las muestras colectadas de F. arundinacea y L. multiflorum no presentaron infección. Se evaluó el efecto antagónico de cepas aisladas del género Acremonium frente a cepas fúngicas potencialmente patógenas. Acremonium sp.3 (033) presentó la mayor actividad antagónica mostrando un 91,42% y 91,35% de porcentaje de inhibición de crecimiento (PGI) frente a Alternaria alternata y a Alternaria sp., respectivamente. El efecto antagónico de esta cepa de Acremonium presentó diferencias significativas y varió dependiendo de la cepa a la cual fue enfrentado y del mecanismo de acción antagónica involucrado. Se evidenciaron dos posibles mecanismos: micoparasitismo y producción de metabolitos o toxinas fúngicas por competencia. Las pruebas de actividad antimicrobiana mostraron actividad positiva de los extractos fúngicos contra el crecimiento de cepas de Alternaria, Curvularia y Fusarium. Los extractos analizados por cromatografía en capa delgada (TLC) mostraron perfiles con diferentes Rf cuando se compararon dos solventes de corrida. Las cepas de Acremonium spp. caracterizadas en este estudio, son buenas candidatas para el control biológico de especies patógenas de pasturas. Hasta donde sabemos, este estudio es el primer reporte de especies del género Acremonium asociadas a Paspalum dilatatum y P. notatum en el país, y presenta uno de los primeros análisis de antagonismo de especies endófitas estudiadas en Argentina. Palabras clave: Acremonium spp., control biológico, Paspalum
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    Identificación y caracterización de genes involucrados en el desarrollo del endospermo en cariopsis de Paspalum notatum
    (FCA-UNR, 2019) Pozzi, Florencia; Felitti, Silvina
    La especie Paspalum notatum Flüggé (P. notatum) es utilizada como modelo en genética reproductiva vegetal debido a que presenta citotipos diploides de reproducción sexual y citotipos poliploides apomícticos y pseudógamos. Esta característica permitió evaluar: 1- El efecto directo del genotipo del polen en el desarrollo y características de la semilla y fruto (efecto xenia) y 2- Las diferencias durante la formación de semillas entre citotipos apomícticos y sexuales. En el capítulo I, se exploró el efecto xenia, el cual se define como el efecto directo del genotipo del polen en el desarrollo de la semilla o fruto. Tiene gran importancia agronómica, utilizándose en el mejoramiento genético vegetal, por ejemplo, en la búsqueda del incremento del rendimiento de granos. Aunque se reportan numerosos estudios sobre xenia, su efecto a nivel molecular ha sido poco estudiado. Por ello, se realizó un estudio molecular utilizando la especie P. notatum. Los objetivos del presente trabajo fueron: 1- Analizar el efecto de xenia en el desarrollo del endospermo a nivel molecular. 2- Evaluar si los genes expresados diferencialmente ejercen funciones durante el desarrollo de la semilla. 3- Explorar los procesos metabólicos y la(s) molécula(s) señal(es) que median el efecto xenia en el endospermo. Para ello, luego de tres horas de ocurrida la polinización, momento en el que ya ha ocurrido la fecundación de los núcleos polares, se realizó la comparación mediante cDNA-AFLP de una planta madre testigo sin polinizar, de genotipo Q4117 (4x apomíctico pseudógamo), con respecto a dos cruzamientos de esta madre con distintos dadores de polen: Q4117xH398 (2x sexual) y Q4117xQ3775 (4x apomíctico pseudógamo). Del análisis de la expresión génica diferencial se obtuvieron bandas únicas, tanto para el cruzamiento Q4117xH398 como para el cruzamiento Q4117xQ3775. A partir del análisis del patrón de bandas obtenidas, se encontraron 33 bandas de expresión diferencial únicas para los cruzamientos analizados, de las cuales 24 fueron secuenciadas, y se les asignó una posible función biológica mediante búsquedas blastn, blastx y blastp. Del análisis funcional de secuencias se obtuvo que siete de ellas (CG5, GA4, GA6, GG5, CG3, TG2 y CC1) presentaron homología con loci de Arabidopsis thaliana (A. thaliana) con funciones asociadas al desarrollo del saco embrionario, desarrollo del tubo polínico, doble fertilización, formación del cigoto y el endospermo. En artículos previos se puso en evidencia que al generarse fenotipos mutantes de A. thaliana para estos loci el tamaño de la silicua, el número, tamaño y el set de semillas (porcentaje de semillas llenas con respecto al número total de semillas).disminuye. Estos resultados mostraron evidencias del efecto xenia en las funciones asociadas a la reproducción y de que el genotipo del polen es uno de los factores que determinan la expresión de diferentes transcriptos que podrían estar asociados con el rendimiento de granos. Además, las secuencias CC3, GA4, GA6 y GA2 estuvieron asociadas a loci de A. thaliana que codifican para ARNm móviles, lo cual sería evidencia de que el mecanismo para xenia estaría relacionado con ARNm móviles que difundirían desde el tubo polínico por la micrópila del óvulo. En el capítulo II se trabajó en base a la teoría del número de balance endospérmico (NBE), la cual establece que la relación de las contribuciones genómicas debe ser 2materna:1paterna para el normal desarrollo del endospermo. Sin embargo, las plantas apomícticas de P. notatum son NBE insensibles. Los objetivos del presente trabajo fueron: 1) Realizar cruzamientos entre diferentes genotipos, a fin de generar semillas con distintos niveles de ploidía por las vías sexual y apomíctica. 2) Realizar un análisis de la expresión génica diferencial 48h luego de ocurrida la polinización (LOP). Para ello, a partir del ARNm de 20 ovarios de cada cruzamiento 48h LOP, se llevó a cabo el análisis de la expresión génica diferencial mediante la técnica cDNA-AFLP. Se obtuvieron numerosas secuencias candidatas: AC1, AC2, AC3, AC4, AC5, GG1 y GG3 para ser utilizadas en futuros análisis funcionales en A. thaliana, las cuales se expresarían en distintos estadíos de desarrollo de la semilla y estarían relacionadas con el desarrollo del endospermo y con la viabilidad o no de la semilla en P. notatum. En el capítulo III se trabajó sobre el silenciamiento génico post-transcripcional en A. thaliana a patir de secuencias candidatas de P. notatum. Para ello, se evaluó en primer lugar la eficiencia del método de transformación por Floral dip mediante la expresión transitoria del gen gus. Posteriormente, se seleccionó la secuencia candidata GG13 (gen GG13) de P. notatum con el objetivo de ser silenciada en A. thaliana y se generó un hpRNA, el cual contenía las secuencias del gen GG13 en sentido y anti-sentido separadas por un intrón. Se validó el silenciamiento mediante una RT-qPCR y el subsiguiente cálculo de expresiones relativas. Además, se evaluaron caracteres fenotípicos en silicuas de plantas silenciadas y control. Los resultados obtenidos a partir del análisis fenotípico permitieron concluir que el gen GG13 afecta tempranamente el número y la forma de las semillas y el largo de silicua. Por lo tanto, se evidenció la correspondencia entre los resultados obtenidos por el análisis funcional con lo predicho por el análisis bioinformático.
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    Identificación y caracterización de mecanismos de resistencia a herbicidas inhibidores de la enzima acetohidroxiácido sintasa en girasol
    (2017) Gil, Mercedes; Picardi, Liliana A.; Nestares, Graciela M.; Felitti, Silvina
    Imidazolinone (IMI) resistance genes have been introgressed from a sunflower wiid population collected in Kansas to elite inbred lines. A digenic model has been proposed as the genetic basis of the inheritance of IMI resistance. This model assumes that both parents must express two resistance genes to achieve complete resistance in the hybrids: the major semidominant locus lmr1, an allelic variant of the ahas1 locus that codes for the acetohydroxyacid synthase catalytic subunit and the modifier locus lmr2, whose effect remains unknown and it could be related to non-target-site resistance such as xenobiotic metabolism. The objective of this study was to identify and characterize IMI resistance mechanisms in sunflower. Specific objectives were: 1- Evalúate the growth response to imazetapyr in combination with P450s inhibitor piperonyl butoxide (PBO) ¡n sunflower plantlets. 2- Evaluate the growth response to imazetapyr ¡n combination with P450s inhibitor 1-aminobenzotriazole (ABT) in sunflower plantlets. 3- Characterize sunflower gene expression in response to imazetapyr using cDNA-AFLP. 3.1- Determine the optimal herbicide concentration known as discríminating dose. 3.2- Determine optimal herbicide treatment length. 3.3- Determine acetohydroxyacid synthase in vitro activity to assess enzyme inhibition levéis. 4- Characterize resistant sunflower gene expression in response to imazetapyr using TruSeq Stranded RNA-Seq. Two sunflower inbred lines were used ¡n this study: HA 425 and HA 89, classified as resistant (lmr1lmr1lmr2lmr2) and susceptible (¡mr1imr1imr2imr2), respectively. An important number of xenobiotic metabolism related genes were found in cDNA-AFLP and RNA-Seq transcriptomic analysis: cytochromes P450, ABC transporters, glycosyitransferases, UDPglucuronosyl/glucosyItransferases and glutathione S-transferases. This results combined with increased phytotoxicity of imazetapyr ¡n the resistant line when P450s inhibitors were present, agree with suggestions previously made that non-target-site resistance mechanisms may contribute to herbicide resistance ¡n sunflower. Moreover, these mechanisms could be related to the modifier locus lmr2. This study allowed to detect constitutively expressed detoxification genes potentially related to imidazolinone resistance in sunflower and encourage further experimentation on the molecular and biochemical levels to asses the role of P450s in endowing herbicide resistance.
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    Mejora y actualización del paquete de R: CleanBSequences
    (Facultad de Ciencias Agrarias. UNR, 2022) Pozzi, Florencia I.; Felitti, Silvina
    Este trabajo presenta un nuevo método y herramienta mejorada y actualizada para resolver un problema común de los biólogos moleculares y genetistas que utilizan marcadores moleculares en sus investigaciones y desarrollos científicos: la curación de secuencias. Los estudios ómicos realizados por biólogos moleculares y genetistas suelen implicar el uso de marcadores moleculares. AFLP, cDNA-AFLP y MSAP son ejemplos de marcadores que brindan información a nivel de genómica, transcriptómica y epigenómica, respectivamente. Estos tres tipos de marcadores moleculares usan adaptadores que son la plantilla para la amplificación por PCR. Las secuencias de los adaptadores tienen que ser eliminadas para el análisis de los resultados. Dado que en estos estudios se suele obtener un gran número de secuencias, esta limpieza de los datos podría demandar mucho tiempo y trabajo. Para automatizar este trabajo, previamente se creó un paquete R, llamado CleanBSequences cuya versión inicial fue 0.4.0, que permitía curar las secuencias de forma masiva, rápida, sin errores y que se pueden usar sin conexión. La curación se realizaba alineando los primers forward y/o reverse o los extremos de los vectores de clonación con las secuencias a eliminar. Después del alineamiento, se generaban nuevas subsecuencias sin fragmentos biológicos no deseados por el usuario, es decir, secuencias necesarias para las técnicas. A partir del uso de dicha herramienta se detectaron ciertos errores y mejoras a ser incluidos en una nueva versión del paquete. Se planteó como objetivo de trabajo mejorar y actualizar el paquete CleanBSequences en CRAN, con lo cual, los errores fueron subsanados y las mejoras incluidas en una nueva versión del paquete, para ello se trabajó sobre las funciones preexistentes (OnePrimerRemove y TwoPrimersRemove) y se generaron nuevas funciones (DNAStringSetOPR y DNAStringSetTPR). La nueva versión del paquete pasó por todos los chequeos correspondientes y fue publicada en CRAN como CleanBSequences 1.4.0. En conclusión, se logró mejorar y actualizar el paquete CleanBSequences en CRAN.
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    Sequence characterization, in silico mapping and cytosine methylation analysis of markers linked to apospory in Paspalum notatum
    (Sociedade Brasileira de Genética, 2012-07-01) Podio, Maricel; Rodríguez, María Pía; Felitti, Silvina; Stein, Juliana; Martínez, Erci Javier; Siena, Lorena Adelina; Quarin, Camilo Luis; Pessino, Silvina Claudia; Ortiz, Juan Pablo Amelio